基于600K SNP 芯片技術(shù)對寧海黃雞和廣西黃雞繁殖性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析

曹海月，譚雨革，董信陽，毛海光，馬有智，盧 磊，姜俊保，尹兆正*

（1.浙江大學(xué)動(dòng)物科學(xué)學(xué)院，浙江杭州 310058；2.寧波市振寧牧業(yè)有限公司,浙江寧波 315600）

全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome-Wide Association Study,GWAS）是指在全基因組范圍內(nèi)找出存在的序列變異，即單核苷酸多態(tài)性（Single Nucleotide Polymorphisms,SNPs），并從中篩選出與目的性狀相關(guān)的SNPs。GWAS 研究最先被應(yīng)用于醫(yī)學(xué)，Klein 等[1]在《Science》雜志上首次發(fā)表了利用GWAS 研究人類視網(wǎng)膜黃斑病的文章，自此之后，GWAS 被廣泛應(yīng)用于人類疾病致病基因的篩選，并成功鑒定了糖尿病、抑郁癥等疾病的主要致病基因[2-3]。近年來，GWAS 開始逐漸應(yīng)用于畜禽數(shù)量性狀的研究，鑒定出大量與豬繁殖性狀、雞生長及蛋品質(zhì)等性狀相關(guān)的候選基因[4-6]。隨著高通量測序和高分辨代謝檢測技術(shù)不斷發(fā)展，以及多種生物信息學(xué)技術(shù)和統(tǒng)計(jì)學(xué)方法發(fā)展，使復(fù)雜性狀基因變異的定位更加準(zhǔn)確，為畜禽重要經(jīng)濟(jì)性狀主效基因和疾病性狀致病基因挖掘提供了更加有效的方法[7]。

寧海黃雞和廣西黃雞是我國南方地區(qū)的2 個(gè)優(yōu)質(zhì)地方雞種，相比而言，寧海黃雞產(chǎn)蛋率高，廣西黃雞生長速度快。由于表型差異通常由基因差異引起，因此探究影響2 個(gè)品種性狀特征的基因?qū)⒂欣诘胤狡贩N雞的遺傳改良和配套利用。前人研究表明，雞的大多數(shù)性狀受多個(gè)微效基因控制[8]。近年來，GWAS 被大量應(yīng)用于中低密度的單核苷酸多態(tài)性與雞生長、繁殖性狀相關(guān)性的研究[9-10]。高密度（600K）的基因芯片可以使目標(biāo)基因的篩選更加準(zhǔn)確有效[11]，但其目前主要應(yīng)用于雞體重、疾病和脂肪沉積等方面的研究[6,12-13]。……