基于GEO 數(shù)據(jù)庫(kù)篩選非肌層浸潤(rùn)性膀胱癌吉西他濱耐藥的免疫相關(guān)標(biāo)志物

謝文亮 李明

膀胱癌是全球第十大常見(jiàn)癌癥,2020年全球185個(gè)國(guó)家約有573 278個(gè)新發(fā)病例和212 536個(gè)死亡病例[1]。非肌層浸潤(rùn)性膀胱癌(non muscle-invasive bladder cancer,NMIBC)是膀胱癌的主要類(lèi)型之一,占原發(fā)性膀胱癌的70%。經(jīng)尿道膀胱腫瘤切除術(shù)是目前治療NMIBC 的主要方法。然而,以往的研究表明,經(jīng)尿道膀胱腫瘤切除術(shù)后NMIBC 患者的5年復(fù)發(fā)率為31%～78%[2]。吉西他濱是NMIBC 患者術(shù)后的一線(xiàn)化療藥物,研究表明,NMIBC 患者行經(jīng)尿道膀胱腫瘤切除術(shù)后即刻行膀胱內(nèi)灌注吉西他濱藥物化療,可以降低5年復(fù)發(fā)率35%[3]。然而,長(zhǎng)期的膀胱內(nèi)灌注化療會(huì)導(dǎo)致NMIBC患者對(duì)吉西他濱逐漸產(chǎn)生耐藥性,進(jìn)而導(dǎo)致腫瘤復(fù)發(fā)。因此,探索導(dǎo)致NMIBC 患者對(duì)吉西他濱產(chǎn)生耐藥性的分子標(biāo)志物具有重要意義。本研究使用生物信息學(xué)分析的方法篩選出導(dǎo)致NMIBC患者對(duì)吉西他濱產(chǎn)生耐藥性的免疫相關(guān)核心基因,旨在提高對(duì)吉西他濱耐藥的NMIBC 患者的精準(zhǔn)治療水平。

對(duì)象與方法

一、數(shù)據(jù)收集

從高通量基因表達(dá)(gene expression o mnibus,GEO)數(shù)據(jù)庫(kù)(https://www.ncbi.nl m.nih.gov/geo)中獲得微陣列數(shù)據(jù)集GSE77883,該數(shù)據(jù)集包括3 個(gè)對(duì)吉西他濱耐藥的T24細(xì)胞系樣本和3個(gè)非吉西他濱耐藥的T24細(xì)胞系樣本。利用免疫學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)和分析門(mén)戶(hù)網(wǎng)站 (https://www.i mmport.or g/ho me)和免疫互作和信號(hào)反應(yīng)數(shù)據(jù)庫(kù)(http://www.innatedb.com)獲得免疫基因。

二、數(shù)據(jù)分析

1.差異表達(dá)基因的篩選:利用GEO2R 工具獲取兩組樣本間的差異表達(dá)基因(differently expressed genes,DEGs)。以log FC>2和P<0.05作為篩選條件,篩選出兩組樣本間差異表達(dá)的上調(diào)基因;以log FC<2和P<0.05作為篩選條件,篩選出兩組樣本間差異表達(dá)的下調(diào)基因。

2.蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建:利用蛋白-蛋白相互作用數(shù)據(jù)庫(kù)(https://cn.string-db.org/)構(gòu)建DEGs的蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)。用Cytoscape軟件對(duì)蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)中各個(gè)節(jié)點(diǎn)的連接度進(jìn)一步分析,以連接度大于10作為核心基因的篩選標(biāo)準(zhǔn)。通……