基于甲基化驅動基因構建膀胱尿路上皮癌分子亞型和預后分子模型

張挺 管波 王浩宇 單衛民 王德彪

膀胱尿路上皮癌(bladder urothelial carcinoma,BLCA)在泌尿系統腫瘤中的發病率較高,約占全球腫瘤發病率的3%,在發達國家尤為普遍[1]。相當一部分BLCA患者有接觸致癌物質病史,其中危害最大的是煙草,吸煙后患膀胱癌的相對風險僅次于肺癌[2]。已有研究證明戒煙可顯著降低罹患膀胱癌的風險[1]。約有7%的BLCA患者因BLCA遺傳易感性而患病[3]。

DNA甲基化作為一種特殊的表觀遺傳事件在疾病的發生、發展中具有重要作用。表觀遺傳學是一種在不改變基因序列的情況下,在細胞增殖和發育過程中發生的穩定變化,與基因表達潛能相關。DNA 甲基化是在DNA堿基的C5位置上插入1個CH3基團導致轉錄抑制,進一步阻止抑癌基因的表達等,可能是通過影響細胞分化過程的可塑性而導致腫瘤的發生[4]。

本研究利用癌癥基因組圖譜(The Cancer Genome Atlas,TCGA)數據庫檢索并篩選了BLCA轉錄組和表觀基因組數據,同時進行整合分析,鑒定出一系列與BLCA預后相關的DNA甲基化驅動基因,并基于此構建了BLCA分子亞型和預后分子模型,為BLCA 患者的預后風險分層、預后評估及治療策略的選擇提供了新的參考指標,具有一定的潛在應用價值。

對象與方法

一、研究對象

從TCGA 數據庫(https://www.cancer.gov)中檢索并下載了411例BLCA 患者的病理數據資料,其中包括417例BLCA 組織和21 例正常膀胱組織的甲基化數據、414例BLCA 組織和19例正常膀胱組織的轉錄組數據(部分患者有多個組織樣本數據),同時下載了這411例BLCA 患者的臨床數據資料,包括性別、年齡、種族、病理分期、吸煙狀態、放療、化療情況及存活狀態等?！?br>