HMGN 基因家族在肝癌中的表達(dá)及預(yù)后價值的分析

蔡典葵，李昂，楊思加，韋金星，閔軍

肝癌是最常見的癌癥之一，在2020 年新發(fā)病例約為9.06 萬人，相關(guān)死亡人數(shù)約為83 萬人；肝癌是世界上常見的第六大癌癥，也是第三大癌癥相關(guān)死亡病例［1］。近年來，病人的預(yù)后隨著肝癌治療水平的提高而逐步好轉(zhuǎn)［2］。但是肝癌病人總體預(yù)后仍然不容樂觀。所以，尋找新的診療目標(biāo)刻不容緩。

高遷移率基團(tuán)核小體結(jié)合蛋白（high mobility group nucleosome-binding protein，HMGN）是脊椎動物細(xì)胞細(xì)胞核內(nèi)普遍表達(dá)的非組蛋白染色質(zhì)結(jié)構(gòu)蛋白家族［3］。HMGN 基因家族共有5 個成員，分別是能與核小體特異性結(jié)合的HMGN1、HMGN2、HMGN3、HMGN4 和HMGN5。在近年的研究中，有一些證據(jù)顯示HMGN 基因家族在癌癥的發(fā)生和發(fā)展過程中扮演著重要角色［4-15］，但是僅有少量研究表明HMGN 基因家族對肝癌的發(fā)生發(fā)展中起著重要的作用［16-18］，這些研究都是單獨調(diào)查，缺乏系統(tǒng)的分析。

在本研究中，我們從TCGA 和GEO 數(shù)據(jù)庫中提取HMGN 基因家族的表達(dá)和臨床數(shù)據(jù)，并結(jié)合GEPIA 數(shù)據(jù)庫對HMGN 基因家族進(jìn)行系統(tǒng)分析。在為肝癌患者帶來福音的同時，探索新的診療目標(biāo)，也為后續(xù)的研究打下基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1.1 TCGA 和GEO

TCGA 和GEO 是開放的數(shù)據(jù)庫［19，20］。在這項研究中，我們從TCGA 和GEO 數(shù)據(jù)庫中獲得了HMGN 基因家族在肝癌組織和正常組織中的相對表達(dá)量以及臨床數(shù)據(jù)。我們探究了HMGN 基因家族在肝癌組織和正常組織的轉(zhuǎn)錄水平差異，并比較了HMGN 基因家族在肝癌不同分期的轉(zhuǎn)錄水平差異。

1.2 GEPIA

GEPIA 是一個癌癥和正常基因表達(dá)譜和交互式分析的網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器［21］。在這項研究中，我們通過GEPIA 的生存模板，以75%的高表達(dá)組為界，以25%的低表達(dá)組為界，分析了HMGN 基因家族中mRNA 水平與肝癌患者生存率的相關(guān)性。……