神經(jīng)重癥醫(yī)學(xué)科感染患者非多重耐藥肺炎克雷伯菌的毒力基因分布與傳播特征分析

元小冬，張萍淑，劉妍，李妍，耿賀梅，王賀永，張淑清，劉青

肺炎克雷伯菌（Klebsiella pneumoniae，KP）是神經(jīng)重癥醫(yī)學(xué)科（Neurological Intensive Care Unit，NICU）患者感染的主要病原菌，多見于呼吸道、泌尿道、血液感染［1-2］。近年耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌（Carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae，CRKP）逐漸增多，全球耐藥率達(dá)20%～70%，其耐藥基因可由質(zhì)粒介導(dǎo)，通過轉(zhuǎn)化、接合、轉(zhuǎn)導(dǎo)等形式傳遞，進(jìn)而形成多重耐藥菌［3］，目前關(guān)于KP的毒力基因特征已成為臨床的研究熱點(diǎn)。全基因組測序技術(shù)（whole genome sequencing，WGS）能夠直接反映基因組DNA的遺傳信息，對(duì)確定耐藥基因型、預(yù)測細(xì)菌耐藥表型的特異度、靈敏度較高，能夠較全面地了解病原菌來源、感染、耐藥、傳播等機(jī)制［3］，為本課題組對(duì)細(xì)菌基因組中攜帶毒力基因與其臨床致病機(jī)制的關(guān)系研究提供了有力的技術(shù)支撐。本課題組在NICU感染患者中篩選出具有特定同源關(guān)系的非多重耐藥KP進(jìn)行全基因組測序，并應(yīng)用多種生物信息學(xué)軟件在全基因組測序中篩選出其攜帶的毒力基因，進(jìn)而分析其分布和傳播特征，以期為KP感染的防控提供依據(jù)。

1 資料與方法

1.1 樣本來源 收集2015—2018年開灤總醫(yī)院收治的93例NICU感染患者的非多重耐藥KP 94株。所有KP應(yīng)用K-B法進(jìn)行抗菌藥物敏感試驗(yàn)及脈沖場凝膠電泳法（PFGE）進(jìn)行同源性分析，將相似度為100%視為同一克隆株，相似度≥80%視為同一流行克隆系［4］。選出其中的無同源性KP 3株，即2015年、2016年、2017年各1株，分別編號(hào)為P20、P39、P66；2018年，選出與P66為同一流行克隆系的KP 2株，分別編號(hào)為P90、P91，且P90與P91為同一克隆株。

1.2 WGS 將5株非多重耐藥KP進(jìn)行二代、三代全基因組測序，將所得的基因組測序結(jié)果……