基于生物信息學的潰瘍性結腸炎免疫細胞的浸潤模式分析

李 娜 陶弘武 柳越冬 林亞南 許博佳 羅瑞娟 王 磊 姜莎莎

(遼寧中醫藥大學，沈陽 110032)

潰瘍性結腸炎(ulcerative colitis，UC)是一種特發性復發性炎癥性疾病，發病率較高。雖然UC的病因尚不清楚，但其特征表現為連續性腸道黏膜的炎癥，從直腸開始，并可累及整個結腸。環境和生活方式與藥物使用、高糖和高脂肪的飲食、污染、較高的社會經濟地位、壓力與UC有關，免疫反應在UC的全過程中起重要作用。免疫耐受的喪失導致各種免疫炎癥因子的增加而誘發炎癥。它們刺激抗原特異性效應物的增殖，從而觸發適應性免疫系統，導致局部和全身炎癥。UC的免疫應答和炎癥途徑表明，各種類型的細胞，包括抗原呈遞細胞、T輔助細胞、調節性T細胞和自然殺傷T細胞，通過調控炎癥在UC發病中發揮重要作用。本文利用GEO數據庫中UC的微陣列測序， 并利用CIBERSORT[1]計算其免疫細胞組成， 進一步分析其與UC的相關性,并初步評估 UC中免疫細胞浸潤情況，為進一步研究 UC 的分子機制提供了新思路。

1 材料與方法

1.1數據下載 數據采集本研究利用了GEO[2]數據庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds)的數據。MeSH檢索詞為“colitis,ulcerative”或“Ulcerative colitis”和“Homo sapiens”和“Expression profiling by array”和“tissue”，GSE11223微陣列測序數據集[3]，樣本通過Agilent-012391全人類基因組Oligo微陣列測序，平臺文件為GPL1708，包括了67例UC患者腸道不同解剖部位的上皮活檢分析，病理結果分為炎癥組織和非炎癥組織，剔除非炎癥組織。此外，該數據集還包含了31例正常對照組腸道不同解剖部位上皮組織樣本，剔除其中8個病理報告為假膜性結腸炎、例憩室炎、阿米巴病等[3]炎癥的組織樣本。……