miR-486-3p與甲狀腺乳頭狀癌關系的生物信息學研究

趙曉海 王成志 孔建兵 鮑躍兵 邱永偉 賴瑞南

甲狀腺乳頭狀癌（papillary thyroid carcinoma，PTC）是甲狀腺癌中最常見的病理類型，占甲狀腺癌的80%以上，多見于年輕女性，患者常出現淋巴轉移以及局部侵襲、復發[1-2]。腫瘤直徑超過1 cm的PTC患者大多伴有中央區淋巴結轉移，目前臨床診斷困難，因此，治療效果往往不及預期[3]。miR-486-3p作為一種常見的抑癌miRNA，在甲狀腺癌中表達下調[4]。研究發現PTC細胞中miR-486-3p表達下調，能夠促進NF-κB信號通路的活性，加速PTC細胞的侵襲，促進PTC疾病進展[5]。此外，miR-486-3p表達下調與乳腺癌前哨淋巴結的轉移有關，能夠作為乳腺癌淋巴轉移診斷的分子標志物[6]。然而，目前鮮有關于miR-486-3p與PTC淋巴轉移相關的分子機制的研究。基于此，本研究對PTC樣本中miR-486-3p的差異基因進行生物信息學分析，并探討其靶基因差異表達情況及臨床意義，以期為其在PTC中的深入研究提供理論支持。

1 材料和方法

1.1 數據來源和整理 檢索腫瘤基因圖譜（The Cancer Genome Atlas，TCGA）數據庫（https://portal.gdc.cancer.gov/），下載PTC相關的mRNA表達數據，其中腫瘤樣本502例、癌旁正常組織樣本4例。

1.2 差異表達分析 使用limma R包對腫瘤標本與癌旁組織表達譜進行差異分析，選擇log2FC絕對值＞1，P＜0.05為篩選條件。將數據進行可視化并導出相應圖表。

1.3 差異基因功能及信號通路富集分析 使用ClusterProfiler R包對差異表達基因富集，隨后進行基因本體（gene ontology，GO）分析和京都基因和基因組百科全書（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）注釋，繪制GO聚類圖。使用ggplot2 R包繪制GO二級分類柱形圖及KEGG注釋統計圖。

1.4 靶基因預測并與差異表達基因取交集 采用Targetscan（http://www.targetscan.org/vert_72/）與 miRDB（http://mirdb.org/）在線數據庫預測與miR-486-3p存在結合序列的靶基因，將得到的miR-486-3p差異表達基因與兩個數據庫中預測到的靶基因取交集，繪制韋恩（Venn）圖。……