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基于Oncomine數據庫分析PD-L1基因在頭頸部癌中的表達及預后*

2020-06-23 06:00:06朱婭丁潔王莉王娟汪洋
腫瘤預防與治療 2020年4期
關鍵詞:數據庫差異分析

朱婭,丁潔,王莉,王娟,汪洋

210011 南京,南京醫科大學第二附屬醫院 腫瘤科

頭頸部癌占所有惡性腫瘤的6%,所有癌癥相關死亡中的2%[1],全球發病率約為1/600 000[2]。據報道,吸煙與其發病有較高相關性,此外人乳頭瘤病毒(human papillomavirus,HPV)感染,特別是HPV16,也是口咽部鱗癌的主要病因[3]。盡管手術、放化療和靶向治療已聯合用于這類患者,但近50%的患者最終死于原發疾病。近年來,免疫檢查點抑制劑成為了新的有效治療手段,在許多惡性腫瘤中取得了進展。免疫檢查點抑制劑能夠激活免疫系統,引導機體產生持續而有效的抗腫瘤免疫反應。頭頸部鱗癌(head and neck squamous cell carcinoma,HNSCC)被認為是免疫缺陷腫瘤,它的發病與免疫逃逸機制有相關性。研究發現,HNSCC表面存在程序性死亡因子配體1(PD-L1/CD274)過度表達,特別在HPV(+)腫瘤中,由此引起PD-1/PD-L1通路上調,產生免疫抑制[4]。多項研究顯示,PD-1/PD-L1靶向抑制劑在晚期及轉移性頭頸部癌中取得了有效的治療效果[5-7]。

Oncomine數據庫(https://www.oncomine.org/resource/login.html)是癌基因芯片及整合數據平臺,可用于查詢及分析惡性腫瘤基因的相關信息。利用Oncomine數據庫進行腫瘤及正常組織的差異基因分析,可尋找腫瘤標志物及治療靶點,指導腫瘤預后及靶向治療。本文從Oncomine數據庫中提取頭頸部癌PD-L1基因數據,比較了腫瘤組織及正常組織PD-L1的差異表達,并對亞組進行分析,同時結合高低表達的生存狀態,研究PD-L1的表達與預后之間的相關性,進一步指導靶向藥物的合理使用。

1 資料和方法

1.1 數據提取

從Oncomine數據庫中提取頭頸部癌的PD-L1表達的mRNA數據,設定搜索條件:1)Gene:PD-L1(CD274); 2) Analyze type: Head and Neck Cancer, CancervsNormal; 3) 分析參數為P-value<0.05,Fold change=1.5, Gene rank=top 10%; 4) 數據類型:mRNA。

1.2 統計學方法

頭頸部癌腫瘤組織和正常組織PD-L1基因表達差異采取t檢驗。……

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