人類APOBEC3蛋白的結構與功能分析①

吳小霞 許天委 李國寅

(瓊臺師范學院，瓊臺兒童認知與行為發展研究中心,海口 571127)

位于人類22號染色體上的七個APOBEC3(apolipoprotein B mRNA editing enzyme-catalytic polypeptide like3，亦稱APOBEC3)蛋白是一個通過控制外源性逆轉錄病毒復制和內源性逆轉錄因子轉座而廣泛參與固有免疫的胞苷脫氨酶家族[1,2]，分別是APOBEC3A(簡稱A3A)、APOBEC3B(簡稱A3B)、APOBEC3C(簡稱A3C)、APOBEC3DE(簡稱A3DE)、APOBEC3F(簡稱A3F)、APOBEC3G(簡稱A3G)和APOBEC3H(簡稱A3H)[1-3]。

脫氨酶活性會引起人類基因組的不穩定和癌癥，A3A是目前這一家族中最活躍的[4]，也是IAP和MusD以及其他逆轉錄轉座，如LINE-1的有效抑制劑[5]。A3G是該家族中第一個被證實限制逆轉錄病毒的家庭成員[5]。A3B在正常組織內不表達或表達較低，而在乳腺癌、宮頸癌、膀胱癌、肺癌、卵巢癌等腫瘤組織卻過量表達，盡管機制仍不太清楚，但A3B被認為是癌細胞內驅動腫瘤發展的體細胞突變源頭[6-9]。A3C抑制病毒和內源性逆轉錄元件的功能較弱[10,11]，但Wittkopp等[10]分析發現A3C在靈長類進化抵御病原體時起非常重要的作用。而A3DE、A3F和A3H在Vif缺陷的細胞限制HIV-1感染，也在Vif成熟的細胞內對病毒基因組進行催化導致亞致死水平的突變[9]。

本文利用生物信息學方法對人類七個APOBEC3蛋白質序列進行理化性質、蛋白質定位等結構和功能的分析，尋找人類APOBEC3蛋白的相似及不同之處，為進一步深入研究和分析人類APOBEC3蛋白的結構與功能的相互關系提供思路。

1 材料與方法

1.1材料 本文中的人類APOBEC3蛋白序列來自NCBI數據庫，A3A(檢索號：AKE33285)，包含199個氨基酸，A3B(檢索號：AAH53859)包含251個氨基酸，A3C(檢索號：AAH11739)包含190個氨基酸，A3DE(檢索號：ACB32248)包含386個氨基酸，A3F(檢索號：AAH38808 )包含373個氨基酸，A3G(檢索號：AAZ38722 )包含384個氨基酸以及 A3H(檢索號：ACK77778)包含154個氨基酸。……