三代測序與靶向捕獲技術聯用進行高分辨HLA基因分型及MHC區域單倍體型精細鑒定

陳佳，舒明月，里進，付愛思，楊帆，王鄒，李一榮， 鄧子新，劉天罡

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三代測序與靶向捕獲技術聯用進行高分辨基因分型及MHC區域單倍體型精細鑒定

陳佳1，舒明月1，里進2，付愛思1，楊帆3，王鄒3，李一榮2， 鄧子新1，劉天罡1

1. 武漢大學藥學院，組合生物合成與新藥發現教育部重點實驗室，武漢 430071 2. 武漢大學中南醫院檢驗醫學中心，武漢 430071 3. 武漢生物技術研究院公共技術服務平臺，武漢 430071

人類白細胞抗原(human leukocyte antigen，)的高分辨率、精準分型對于組織配型以及相關疾病研究具有重要意義。本研究以12位原發性肝細胞癌病人的外周血為供試樣本，分析二、三代測序數據用于高分辨率分型的優劣勢，同時結合探針捕獲與三代測序技術對YH、HeLa標準細胞系以及一個原發性肝細胞癌病人的主要組織相容性復合體(major histocompatibility complex,MHC)區域進行靶向分析，探究長讀長測序技術對于整個MHC區域精細分析的潛力。研究表明：(1)二、三代測序技術均能實現6~8位高分辨分型，且兩者分型結果一致。但是三代數據的覆蓋均一度顯著優于二代，不會出現明顯的“斷層”現象；(2)超長的三代數據可直接跨越整個擴增子，對于基因單倍體型的判定(phasing)具有明顯優勢。樣本中92.79%的基因能夠得到準確的單倍體分型結果，遠高于二代的75.65%；(3)長讀長的三代測序數據不但能實現對MHC區域的更好組裝，還具有對整個MHC共計3.6 Mb區域進行phasing的能力，而這將有助于明確各個突變位點、等位基因、非編碼區等基因原件在每個MHC單倍體型上的定位與相互連鎖信息，為免疫等相關疾病的研究提供理論依據。……