用全基因組測序評價VNTR分型在泛耐藥結核分枝桿菌傳播中的應用

陳昕昶，陳嘉臻，張文宏

復旦大學附屬華山醫院感染科，上海 200040

結核病是由結核分枝桿菌引起的傳染性疾病。相比于敏感株，結核分枝桿菌耐藥株的傳播力是研究熱點之一[1]。本課題組前期收集了55株2003—2009年于重慶市肺科醫院診斷的泛耐藥結核分枝桿菌(extensively drug-resistantMycobacteriumtuberculosis，XDR-TB)菌株，但由于技術上的限制，2014年僅用傳統的多位點數目可變串聯重復序列(variable-number tandem-repeat，VNTR)分型對其傳播及成簇特征進行了分析，發現該地區XDR-TB的傳播率較高[2]。

VNTR分型方法因簡便易行、結果可讀性強、實驗室間可比性高，廣泛應用于結核分枝桿菌的傳播研究[3-4]。近年來，隨著技術的進步、測序成本的降低，全基因組測序(whole-genome sequencing，WGS)技術開始用于研究結核分枝桿菌的傳播，已有多項研究證明WGS較VNTR分型具有更高的分辨率[5-6]。但目前應用WGS鑒定結核病傳播的研究主要集中于敏感菌株及歐美菌株[7-9]，我國研究較少[10]，且尚未在XDR-TB中進行相關研究。因此，本研究應用WGS對上述菌株進行重新分析，并評價VNTR分型判斷XDR基因型分布及成簇特征的準確性。

1 材料與方法

1.1 研究對象

收集2003—2009年重慶市肺科醫院診斷的55株XDR-TB菌株。該醫院于2003—2009年共診斷 2 727 例結核病，其中624例為多重耐藥結核分枝桿菌(multidrug-resistantMycobacteriumtuberculosis，MDR-TB)，85例為XDR-TB(已去重)。2015年共回溯、成功復蘇、完成藥敏試驗和VNTR分型的菌株有95株[2]。本次成功復蘇并完成WGS的XDR-TB菌株有55株。

1.2 研究方法

1.2.1菌株選取對55株XDR-TB菌株進行復蘇，并進行DNA抽提。

1.2.2VNTR分型對成功復蘇并完成WGS的55株菌株進行9+3個位點的VNTR分型，納入的9個位點為QUB-11b、QUB-18、QUB-26、MIRU26、Mtub21、Mtub04、MIRU31、MIRU40、VNTR2372，3個高變位點為VNTR3232、VNTR3820、VNTR4120[11]。聚合酶鏈反應(polymerase chain reaction，PCR)產物用2%瓊脂糖凝膠分析。……