基于生物信息學構建肝細胞癌預后相關circRNA-miRNA-mRNA調控網絡

袁浩桐，姜博文，李真鵬，井媛旭，袁碩，楊超

（齊齊哈爾醫學院 1.口腔醫學院；2.醫學技術學院生物化學教研室，黑龍江 齊齊哈爾 161006）

肝癌是我國常見的惡性腫瘤之一，其病死率位居惡性腫瘤第3位［1］。肝細胞癌（hepatocellular carcinoma，HCC）是最常見的肝癌類型，約占肝癌的90%［2］。手術切除和肝移植是肝癌患者的根治性療法，但術后轉移及復發風險高，預后極差［3］。因此，深入探究肝癌發病機制，積極尋找肝癌早期分子標志物，對提高肝癌的預后有重要意義。

環狀RNA（circle RNA，circRNA）是一類特殊的非編碼RNA分子，首尾相接形成閉合的圓環，不易被RNA酶降解，被認為是有潛力的生物標志物［4］。circRNA可通過競爭性內源RNA（competitive endogenous RNA，ceRNA）機制，影響肝癌的發生和發展。HUANG等［5］發現circRNA_104348可通過吸附miR-187-3p，上調靶基因RTKN2的表達，促進肝癌細胞的增殖和遷移。但circRNA在肝癌中的研究仍處于初級階段，有待進一步探討［6］。

本研究基于基因表達綜合（Gene Expression Omnibus，GEO）數據庫中下載的數據集GSE97332和GSE164803，篩選出肝癌相關差異表達circRNA，并構建肝癌預后相關ceRNA調控網絡，為深入挖掘肝癌發生的分子機制，尋找肝癌潛在的circRNA診斷標志物提供一定的研究依據。

1 材料與方法

1.1 HCC芯片數據的收集

HCC相關circRNA表達譜數據下載自GEO數據庫（http：//www.ncbi.nlm.gov/geo/）。數據集GSE97332包括7例HCC樣本和7例肝正常組織樣本，芯片平臺為GPL19978；GSE164803包括6例HCC樣本和6例肝正常組織樣本，芯片平臺同為GPL19978。

1.2 HCC相關差異表達circRNA的篩選

采用GEO2R在線工具（https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/），以校正后的P<0.05、|log2FC|>2為標準，篩選數據集GSE97332及GSE164803中的差異表達circRNA，交集分析得到共差異表達circRNA。

1.3 預測與circRNA相結合的微RNA（microRNA，miRNA）

分別在Circular RNA Interactome（https：//circinteractome.nia.nih.gov/）與circBank（http：//www.circbank.cn）數據庫中預測與共差異表達circRNA相結合的miRNA，所得結果取交集作為后續研究的miRNA。……