人肝癌細胞系HepG2和Huh7中的基因組拷貝數變異分析

冀夢蝶，苑 贊，卞曉翠，楊玉容，郭 鑫，王 琦，陳 陽*

1.中國醫學科學院基礎醫學研究所 北京協和醫學院基礎學院 生物化學與分子生物學系醫學分子生物學國家重點實驗室，北京 100005；2.華中農業大學 信息學院 農業生物信息湖北省重點實驗室，湖北 武漢 430070

肝癌是中國和世界范圍內常見的惡性腫瘤之一。據國際癌研究機構(IARC)統計,2020年全球有近83萬人死于肝癌,并且每年確診肝癌以及因此死亡的人數預計將增長55%以上。中國是肝癌大國,肝癌負擔占全球一半以上[1],已嚴重威脅到中國國民的生命健康。

拷貝數變異(copy number variation, CNV)指的是基因拷貝數目的改變,可通過基因劑量效應直接改變所在基因的表達水平,或通過染色質構象改變引起的位置效應調控遠處基因表達,以及通過基因融合或斷裂效應阻礙基因的表達[2],因此可導致癌基因的激活和抑癌基因的失活[3]。研究表明,CNV的重復或缺失會影響基因的表達和癌相關的生物學過程[2]。

隨著近些年測序技術的快速發展,被鑒定發現的CNV數量越來越多。基于CNV和基因表達譜的關聯分析,使研究者可以在分子水平上進一步了解肝癌發生發展相關的分子機制,從而有利于肝癌的分型、診斷、預后及靶向治療藥物的設計等。本文利用Bionano光學基因組圖譜(optical genome mapping, OGM)技術解析肝細胞癌基因組的大片段CNV,并結合肝細胞癌轉錄組和臨床表達數據分析肝細胞癌拷貝數變異對基因表達、肝癌患者預后的影響。

1 材料與方法

1.1 材料

1.1.1 細胞系:人肝細胞癌細胞系HepG2、Huh7(中國醫學科學院基礎醫學研究所細胞資源中心)。……