虞豪騁,張嘉凱,張水軍,2,郭文治,2
(1.鄭州大學(xué)第一附屬醫(yī)院肝膽胰外科,河南 鄭州 450052;2.河南省消化器官移植重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,河南 鄭州 450052)
2020年全球癌癥報(bào)告指出,肝癌是全球死亡率高居第3位的惡性腫瘤[1]。肝癌中85%以上為肝細(xì)胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)[2]。目前,早期的HCC患者主要通過手術(shù)切除病灶,可是術(shù)后的高復(fù)發(fā)率卻使患者的總體預(yù)后欠佳。因此,需要尋找特定的生物標(biāo)志物改善早期HCC的檢測、評估預(yù)后和預(yù)測治療反應(yīng)。RAD54L基因編碼的蛋白質(zhì)屬DEAD-like解螺旋酶超家族,它的結(jié)構(gòu)與RAD54蛋白很類似,且二者同屬DNA的重組及修復(fù)蛋白[3]。RAD54L蛋白可以提高同源DNA配對,從而促進(jìn)DNA的重組修復(fù)。既往的研究表明,RAD54L高表達(dá)水平與膀胱癌患者的癌癥進(jìn)展和不良預(yù)后顯著相關(guān)[4],RAD54L基因的單核苷酸多態(tài)性與胰腺癌的存活率降低有關(guān)[5]。然而,RAD54L在HCC中的相關(guān)研究尚未見報(bào)道。本研究通過生物信息學(xué)方法分析了RAD54L在HCC中的表達(dá)水平、診斷和臨床預(yù)后價(jià)值,旨在為RAD54L作為HCC診斷指標(biāo)、治療靶點(diǎn)及預(yù)后標(biāo)志物提供理論支持。
1.1 數(shù)據(jù)下載、差異表達(dá)及生存分析從癌癥基因組圖譜(The Cancer Genome Atlas,TCGA)數(shù)據(jù)庫[6](https://portal.gdc.cancer.gov/repository)下載50例癌旁組織樣本和369例HCC組織樣本的基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)(工作流類型:HTSeq-FPKM))。另外,還從TCGA下載了377例HCC患者的臨床特征數(shù)據(jù)和生存資料。采用Wilcoxon秩和檢驗(yàn)比較TCGA數(shù)據(jù)庫中HCC及癌旁樣本之間RAD54L基因的表達(dá)差異,并分析50例配對HCC及癌旁樣本中的表達(dá)差異。采用受試者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲線判斷RAD54L對HCC的診斷價(jià)值,并計(jì)算曲線下面積(area under curve,AUC)值。提取HCC患者生存狀態(tài)和總生存期,刪除1例生存資料不完整的樣本,保留368例樣本。……