基于GEO 數據庫篩查小鼠缺血性卒中后心臟組織的差異基因

王 蕊，楊正飛

（寧夏醫科大學中醫學院，寧夏銀川 750004）

缺血性卒中（cerebral infarction，CI）是栓子阻塞血管，使入顱血流量減少，引起腦組織供血障礙，繼而出現相應神經功能受損的一類疾病，嚴重危害人類健康［1-3］。此外，CI 常會誘發其他器官的損害，尤以心臟損害多見，后者表現為心律失常、心肌損害、心電圖改變、心肌酶譜異常甚至急性心肌梗死［4-7］，進而加重病情，影響患者預后。目前，對CI 后誘發心功能障礙的機制研究較少［8］，迄今尚未闡明。因此，本研究從GEO 數據庫中獲取MCAO 小鼠與Sham 小鼠左心室的基因芯片數據，分析二者存在的差異基因，以期分析缺血性卒中后誘導出現心功能障礙的機制，并為腦卒中相關心功能障礙的治療提供依據；同時，為其他相關疾病的研究提供思路。

1 資料與方法

1.1 資料來源

以美國國立生物技術信息中心（NCBI）的GEO DataSets 數據庫（https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed）為檢索對象，檢索時間截止于2019 年12 月，以“Cerebral infarction and cardiac dysfunction”為關鍵詞進行檢索，獲取24、72 h 兩個時間點MCAO 小鼠與Sham 小鼠左心室中基因芯片數據GSE102558。

1.2 研究方法

下載基因芯片數據GSE102558，并通過R 語言軟件進行編程、分析，設定篩選條件logFC 絕對值≥1，校正P＜0.05，獲取這兩個時間點MCAO 小鼠與Sham 小鼠左心室中的差異表達基因；同時，利用R語言軟件繪制差異基因的火山圖和前20 位差異基因的熱圖。

1.3 GO 和KEGG 富集分析

利用DAVID 6.8（https://david.ncifcrf.gov/）在線分析工具，對24 h 和72 h 的MCAO 小鼠與Sham小鼠左心室中的差異表達基因進行GO 功能富集分析和KEGG 通路富集分析[9]。其中，以小鼠為物種篩選條件，設置Select Identifier 為“Official Gene Symbol”，List Type 為“Gene List”，選擇生物過程、細胞組成和分子功能模塊對差異基因進行GO 功能富集分析；……