親子鑒定中男性個體Amelogenin基因座異常1例

李瑩娟

（昆明法醫院司法鑒定中心，云南 昆明 650033）

1 案例資料

1.1 簡要案情

我鑒定中心2019 年在日常鑒定工作中，對1 例二聯體親子鑒定進行鑒定分析時，發現被檢父的STR分型圖上，Amelogenin 基因座僅檢出Amel-Y 等位基因，未檢出Amel-X 等位基因，我們分別使用4 個試劑公司不同的試劑盒進行了分析，現報道如下。

1.2 檢驗方法

按照中華人民共和國公共安全行業標準GA/T383-2014 附錄A 中的Chelex 法提取檢材DNA，初次檢驗使用美國Promega 公司PowerplexR21 system試劑盒，再次檢驗使用的是海爾施基因科技公司SureIDRPanGlobal 試劑盒，蘇州閱微基因公司的MicroreaderTM19X ID system 試劑盒和北京基點認知技術公司的GoldeneyeR17X 試劑盒對檢材提取到的DNA 進行擴增，所得擴增產物用美國ABI3130 遺傳分析儀進行檢測，Genemapper ID-X 1.5 進行數據分析。

1.3 檢驗結果

PowerplexR21 system 試劑盒的擴增產物，Amelogenin 基因座僅檢出Amel-Y 等位基因，而Amel-X 等位基因丟失（見圖1）。SureIDRPanGlobal試劑盒的擴增產物，Amelogenin 基因座檢出Amel-X等位基因，Amel-Y 等位基因，但峰高不均衡，Amel-X 等位基因峰高低于Amel-Y 等位基因峰高的30%（見圖2）。MicroreaderTM19X ID system 試劑盒的擴增產物，檢出全部18 個X-STR 基因座的等位基因分型，Amelogenin 基因座檢出Amel-X 等位基因，Amel-Y 等位基因，但峰高不均衡，Amel-X 等位基因峰高低于Amel-Y 等位基因峰高的40%（見圖3）。GoldeneyeR17X 試劑盒的擴增產物，檢出全部16 個X-STR 基因座的等位基因分型，且Amelogenin 基因座Amel-X 等位基因，Amel-Y 等位基因分型完整，峰高均衡（見圖4）。

圖1 PowerplexR21 system 試劑盒的檢測結果

圖2 SureIDRPanGlobal 試劑盒的檢測結果

圖3 MicroreaderTM19X ID system 試劑盒的檢測結果

圖4 GoldeneyeR17X 試劑盒的檢測結果

2 分析討論

牙釉質蛋白基因（Amelogenin,Amel），是編碼牙釉質蛋白的基因，Amel-X 和Amel-Y 是Amelogenin 基因座的一對等位基因，分別位于X 染色體Xp22.1-Xp22.3 和Y 染色體Yp11.2[1]，通過設計引物，覆蓋X 或者Y 染色體內含子或者外顯子內不同的缺失，可以得到長度不同的Amel-X 等位基因和Amel-Y 等位基因的擴增產物，利用長度差異來進行性別鑒定[2-3]。正常的女性為XX 的純合子，而正常男性為X 與Y 的雜合子。通過Amelogenin 基因座分型進行性別鑒定已經被廣泛用于法醫物證學檢驗。與其他基因座一樣，Amelogenin 基因座的檢測，也會出現異常現象，國內外有許多關于Amelogenin 基因座Amel-X 等位基因或Amel-Y 等位基因丟失的報道[4-13]，出現Amel-X 等位基因或Amel-Y 等位基因丟失的主要原因和機制不完全相同。Y 染色體區域的缺失是Amel-Y 等位基因丟失的主要原因，此外，Amel-Y 引物結合區的點突變、染色體易位、XX 性反轉綜合征等遺傳性疾病均可導致Amel-Y 等位基因丟失。Amel-X 等位基因缺失的報道比較共同的認知是由于DNA 模板在引物結合區的點突變，影響引物與DNA 模板的結合及DNA 鏈的延伸，無法擴增出相應等位基因片段，導致等位基因丟失[15-17]，或影響引物退火溫度使等位基因峰高不平衡，但突變類型及突變位置存在差異。較少情況下發生包含Amelogenin基因座的染色體片段的缺失。

本案中的被檢父，在初次用PowerplexR21 system試劑盒檢測時，未檢出Amelogenin 基因座Amel-X等位基因，我們做出了2 種假設：①由于模板DNA在引物結合區出現了點突變，影響了模板DNA 與引物結合或影響了DNA 鏈的延伸，而導致的Amel-X 等位基因丟失；②由于X 染色體的片段缺失而未能檢出Amel-X 等位基因。

而后，我們又用SureIDRPanGlobal試劑盒、Microreader TM19X ID system 試劑盒和GoldeneyeR17X 試劑盒進行了分析，均得到了全部X-STR 基因座的等位基因分型和Amelogenin 基因座Amel-X 等位基因和Amel-Y 等位基因，未出現Amel-X 等位基因的缺失。由此推斷本案被檢父的Amel-X 等位基因的丟失，基本可以排除是因X 染色體片段缺失而導致的Amelogenin 基因座Amel-X 等位基因丟失。

且通過分析4 個不同試劑盒擴增的被檢父樣本Amelogenin 基因座Amel-X 等位基因和Amel-Y 等位基因的片段大小和峰高比值，如表1 所示，我們有如下發現：①4 個試劑盒的Amel-X 等位基因和Amel-Y等位基因片段大小不相同，Amel-X 等位基因和Amel-Y 等位基因的分子量差也不相同，說明他們的引物設計是不相同的，通過改變引物設計，能夠得到全部的X-STR 基因座的等位基因分型和Amelogenin基因座Amel-X 等位基因和Amel-Y 等位基因，未出現Amel-X 等位基因的缺失，能夠支持模板DNA 在引物結合區出現了點突變的觀點。②GoldeneyeR17X 試劑盒的Amel-X 等位基因和Amel-Y 等位基因的分子量差與其余試劑盒的不同，Amel-X 等位基因得到了完全擴增，說明GoldeneyeR17X 試劑盒與其他試劑盒不是針對同一位置設計的引物，推測該試劑盒的引物設計剛好避開了引物結合區的突變點，這也能夠支持模板DNA 在引物結合區出現了點突變的觀點。③SureIDRPanGlobal 試劑盒和MicroreaderTM19X ID system試劑盒雖然擴增得到了Amel-X等位基因，但峰高極低，與Amel-Y 等位基因的比值不均衡，也印證了引物結合區的點突變影響引物的退火溫度使等位基因的峰高不均衡的說法。

表1 4 個試劑盒被檢父樣本Amel-X 和Amel-Y 的片段大小和峰高比值

綜上所述，本案被檢父Amelogenin 基因座Amel-X 等位基因丟失的原因，筆者認為是第一種假設成立。

Amelogenin 基因座作為常染色體STR 基因座的輔助判定，在一些特殊和復雜鑒定中具有重要意義，本案報道的此類樣本模板DNA 在引物結合區發生點突變的情況即可導致Amel-X 等位基因丟失，也可導致Amel-Y 等位基因丟失。本案被檢父丟失的是Amel-X 等位基因，沒有影響性別的判斷，但如果出現的是Amel-Y 等位基因丟失，很有可能造成男性誤判成為女性的情況，此類情況如果發生在案件現場發現的檢材上，錯誤的性別判斷，會誤導案件方向，造成嚴重的后果。因此，在日常鑒定工作中，應用商品化試劑盒進行檢測和分析時，如果出現Amelogenin 基因座異常缺失的情況，應該引起鑒定人的重視，使用多個試劑盒進行反復驗證，條件允許的情況下，還應進一步進行測序分析，確保鑒定結果的準確性和可靠性，排除錯判的風險。