卡波西肉瘤病毒編碼的kshv-miR-K12-1-5p靶基因預測及生物信息學分析*
2020-12-30 05:11:46龔海波張慧普雄明
腫瘤預防與治療
2020年12期
龔海波，張慧，普雄明
830001 烏魯木齊，新疆維吾爾自治區人民醫院 皮膚科(龔海波、普雄明)，臨床醫學研究中心(張慧)
卡波西肉瘤是一種表現為皮膚多發性皮損的內皮細胞腫瘤。卡波西肉瘤病毒(Kaposi’s sarcoma associated herpesvirus virus,KSHV)與卡波西肉瘤發病關系的認識始于1994年[1]，Chang以及他的合作者們在艾滋病相關性卡波西肉瘤組織中發現了一種全新的病毒，即人類皰疹病毒-8，隨后在其它幾種類型的卡波西肉瘤組織中均發現了該病毒，而且其感染率高達90%以上。因此,該病毒被國際病毒協會命名為卡波西肉瘤相關皰疹病毒。KSHV被證實與其它增殖性疾病相關，如多中心Castleman病和原發性滲出性淋巴瘤[2-3]。2010年，KSHV被國際癌癥研究機構認定為一類致癌物質[4-5]。目前，KSHV相關性腫瘤研究最多的是卡波西肉瘤。自從上世紀九十年代miRNA被發現以來，在過去的二十多年里出現了眾多miRNA在人類腫瘤的發生發展過程中扮演不同角色的研究[6]。KSHV屬于皰疹病毒，與其它皰疹病毒一樣，均為雙鏈DNA病毒，包含至少90個開放閱讀框架。KSHV病毒基因組編碼12種miRNA前體，這12種miRNA前體共生成25種miRNA成熟體[7]。KSHV病毒基因組編碼的這些miRNAs在卡波西肉瘤相關腫瘤中的發生中扮演什么樣的角色一直是近年來研究者關注的熱點。本次研究選取這25個成熟miRNA中的kshv-miR-K12-1-5p作為研究對象，采用生物信息學的方法預測其靶基因，并對這些靶基因做進一步的基因本體論 ( Gene Ontology，GO)、信號通路富集分析( Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes， KEGG)、蛋白互作分析(protein-protein interaction,PPI)等分析，為以后的KSHV研究者提供可以借鑒的研究方向和靶點。
1 材料和方……
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