多芯片聯(lián)合分析2型糖尿病發(fā)病相關(guān)基因及其與阿爾茨海默病的關(guān)系

（福建醫(yī)科大學(xué)省立臨床醫(yī)學(xué)院，福建省立醫(yī)院老年科，福建省臨床老年病研究所，福州 350001）

根據(jù)國(guó)際糖尿病協(xié)會(huì)的報(bào)告，2017年全球有4.25億糖尿病患者，其中2型糖尿病占90%以上。有研究［1］預(yù)測(cè)2045年糖尿病患者數(shù)量將增至6.29億。糖尿病常導(dǎo)致全身血管及神經(jīng)并發(fā)癥，嚴(yán)重影響患者生活質(zhì)量。2型糖尿病的發(fā)病機(jī)制尚不明確。因此，從基因水平闡明2型糖尿病的發(fā)病機(jī)制對(duì)于預(yù)防和治療有重要意義。

隨著高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，生物信息學(xué)分析成為深入了解2型糖尿病的一種新工具。基因表達(dá)匯編（gene expression omnibus，GEO）數(shù)據(jù)庫(kù)存儲(chǔ)許多表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)。有學(xué)者通過(guò)單個(gè)數(shù)據(jù)集對(duì)糖尿病患者和健康人群血液中的差異基因進(jìn)行了研究［2-3］，然而，國(guó)內(nèi)尚未有使用R語(yǔ)言通過(guò)去除批次間差異的方式對(duì)單個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行聯(lián)合分析的報(bào)道。另外，糖尿病和阿爾茨海默病（Alzheimer disease，AD）關(guān)系密切［4］，本研究將GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中2個(gè)人類2型糖尿病數(shù)據(jù)集進(jìn)行聯(lián)合分析，探索糖尿病發(fā)病的分子機(jī)制；同時(shí)利用基因集富集分析（gene-set enrichment analysis，GSEA）分析2型糖尿病關(guān)鍵基因與AD的關(guān)系。

1 材料與方法

1.1 數(shù)據(jù)來(lái)源

GEO數(shù)據(jù)庫(kù)（https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/）下載芯片GSE85192（平臺(tái)GPL16956）、GSE95849（平臺(tái)GPL22448）、GSE97760（平臺(tái)GPL16699）、GSE85426（平臺(tái)GPL14500）。GSE95849中納入12份樣品，其中6份為2型糖尿病不伴糖尿病周圍神經(jīng)病變患者，6份為健康者。GSE85192中納入18份樣品，其中12份為治療前的2型糖尿病患者，6份為健康者。GSE97760中納入19份樣品。其中10份非AD患者，9份為AD患者。GSE85426中納入180份樣品，其中90份為AD患者，90份為正常對(duì)照組。以上樣本均來(lái)自外周血。下載芯片中的矩陣文件和平臺(tái)文件。

1.2 方法

1.2.1 矩陣注釋：運(yùn)用Perl軟件（版本 5.30.1）對(duì)GSE95849、GSE97760、GSE85426 3個(gè)數(shù)據(jù)集進(jìn)行處理，利用平臺(tái)文件中的基因名將原始矩陣文件ID重注釋為基因名。……