影響肝細胞癌5年生存期的關鍵基因分析

李樹強

（中國醫科大學附屬盛京醫院普通外科，沈陽 110004）

原發性肝癌是目前我國第四位常見的惡性腫瘤，在腫瘤致死疾病中排第三位，嚴重威脅人們的生命和健康。肝細胞癌 （hepatocellular carcinoma，HCC） 占原發性肝癌的80%以上，手術切除和肝移植是根治原發性HCC的主要手段，但是由于早期發現困難，放化療效果不佳，5年生存率僅為15%［1］。因此，更好地了解HCC發生的分子機制，發現影響HCC 5年生存期的關鍵基因，為HCC治療提供新的靶點已成當務之急。

1 材料與方法

1.1 癌癥基因組圖譜（the cancer genome atlas，TCGA）數據下載

登陸TCGA數據庫 （https://cancergenome.nih.gov）網站下載公開的HCC轉錄組數據和腫瘤樣本臨床數據。其中，生存期＞5年 （無論存活與否） 的癌癥樣本43例，生存期＜5年 （已死亡） 的癌癥樣本107例。本研究旨在探討影響HCC 5年生存率的關鍵基因，故排除隨訪時間不到5年且存活的樣本。

1.2 差異表達基因分析

使用轉錄組數據中的reads count評估基因表達水平，應用R軟件 （3.5.1版本） 中的limma及edgeR軟件包［2］對數據進行標準化及差異表達分析，gplots軟件包對數據進行圖形可視化。篩選log FC絕對值 ＞2，FDR ＜0.01的基因為差異表達基因。

1.3 功能和通路富集分析

DAVID （The Database for Annotation，Visualization and Integrated Discovery） 是一個在線數據庫［3］（https://david.ncifcrf.gov），為研究人員提供了一套全面的功能注釋工具，以便理解大量基因背后的生物學意義。應用DAVID分別對上調和下調差異表達基因進行GO （gene ontology） 和 KEGG （Kyoto encyclopedia of genes and genomes） 富集分析，P＜ 0.05為差異有統計學意義。

1.4 候選關鍵基因篩選

將差異基因上傳到STRING數據庫［4］（https://string-db.org），選擇置信度＞ 0.4構建蛋白-蛋白互作（PPI）網絡。基因在PPI網絡的連接度 （degree） ≥8且排名前10位的基因定義為候選關鍵基因。

1.5 結果驗證

應用在……