基于生物信息學分析丙肝相關腎病潛在生物標志物①

陳志敏 林丹華 (莆田市莆田學院附屬醫院腎內科，莆田 351100)

慢性丙型肝炎病毒(hepatitis C virus，HCV)感染是導致慢性肝病的主要原因之一，HCV全球患病率約為1%～2%，HCV活動后若未及時治療，常進展為慢性肝炎、肝硬化甚至肝細胞癌，并可能造成相應的肝外并發癥[1]。其中，腎臟受累最為常見，可表現為蛋白尿、腎小球腎炎、冷球蛋白血癥(mixed cryoglobulinemia，MC)和慢性腎臟病(chronic kidney disease，CKD)等。目前認為HCV感染能夠增加非透析CKD患者終末期腎病(end stage renal disease，ESRD)風險和病死率及已經進入血液透析患者病死率，并可導致腎移植受者的移植腎損傷，進而導致腎病患者的預后進一步惡化，這些病變的發病機制可能與腎小球中免疫復合物的沉積有關，然而現有研究仍未明確HCV相關性腎病的發病機制[2，3]。本研究利用生物信息學工具對GEO(gene expression omnibus)公共數據庫中的HCV基因表達譜芯片和CKD基因表達譜芯片進行數據分析，篩選出各自的差異表達基因(differentially expressed genes，DEGs)，并與人類基因綜合數據庫GeneCards中HCV和CKD疾病相關基因取交集，獲得共表達差異基因(co-expressed DEGs，co-DEGs)。隨后使用STRING數據庫、CTD數據庫及AMIGO數據庫進行相關的生物信息學分析及注釋。最后通過mirDIP數據庫、miRDB數據庫及TargetScan數據庫預測co-DEGs的靶標miRNA。為進一步深入研究HCV和CKD相關基因的生物學功能及可能參與HCV相關腎病發生發展的分子機制奠定基礎。

1 資料與方法

1.1資料

1.1.1Affymetrix芯片數據 NCBI-GEO數據庫(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)[4]下載2個芯片數據集GSE20948和GSE15072。GSE20948采用的芯片平臺是 GPL570 (Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array),包括 14 例HCV感染樣本和 14 例對照樣本。GSE15072采用的芯片平臺是GPL570和GPL96(Affymetrix Human Genome U133A Array),共包括8名健康對照者的血液樣本和26名CKD患者的血液樣本。選取GPL96平臺上的8名健康對照者的血液樣本為對照組，9例CKDⅡ～Ⅲ期患者的血液樣本和12例進入血液透析的尿毒癥患者血液樣本為試驗組，分析差異基因分析。……