梅尼埃病患者外周單核細胞的基因表達譜分析及藥物發現

黃巧 翟思佳 廖行偉 劉宇超 尹時華

廣西醫科大學第二附屬醫院耳鼻咽喉頭頸外科(南寧530007)

MD是以反復發作性眩暈、波動性聽力下降為臨床特征，伴有耳鳴和耳脹滿感的內耳疾病。它的基本病理表現為內淋巴積水，與內淋巴分泌和重吸收失衡有關。隨著生物信息學發展，越來越多學者研究疾病與多個基因間的聯系。MD的基因學研究也逐漸深入，孫瑩基于RNA-seq技術研究表明，免疫因素可能影響梅尼埃病的發病過程[1]。本研究檢索GEO數據庫中MD患者相關基因表達譜，鑒定差異基因及分析差異基因的功能及信號通路，探索MD的發病機制，并通過cMAP數據庫篩選潛在治療MD的小分子化合物，為深入研究MD的治療方案提供依據。

1 材料與方法

1.1 材料

以“Meniere's disease”為檢索詞，在美國國立生物技術信息中心(NCBI)的GEO數據庫進行搜索，獲得GSE109558數據集。

1.2 方法

利用GEO數據庫在線分析工具GEO2R，根據差異基因的條件：P＜0.05，|LogFC|≥1.5篩選差異表達基因。將差異表達基因上傳至DAVID6.8數據庫，進行在線分析基因本體(Gene Ontology,GO)功能注釋和京都基因與基因組百科全書（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路分析。通過STRING數據庫獲得PPI數據，并利用Cytoscape3.7軟件進行網絡互作圖構建及可視化分析。最后應用cMAP數據庫根據P＜0.05且|富集分數|＞0.9篩選可能為治療MD的潛在小分子藥物。

2 結果

2.1 差異表達基因

根據差異基因的條件，獲得差異基因53個，其中上調基因22個，下調基因31個。

2.2 富集分析

對差異表達基因富集分析，結果顯示GO分析富集在防御對病毒的反應、對病毒的反應、成肌細胞融合的負調節、蛋白……