腫瘤突變負荷在頭頸部鱗癌中的預后價值*

謝繼銳， 羅楊坤， 秦遠， 郎錦義， 付彬玉， 黃娜

610041成都， 四川省腫瘤醫院·研究所，四川省癌癥防治中心，電子科技大學醫學院 放療中心

頭頸部鱗狀細胞癌(head and neck squamous cell carcinoma，HNSCC)是全球第6常見的癌癥，每年新診斷病例約60萬例[1]。大多數頭頸部鱗癌患者表現為局部晚期伴有明顯淋巴結轉移，得益于多學科治療的進展，其療效得到提高，但僅有50%患者是以根治為目的，且有40%～60%的復發和轉移率[2-3]。因此，亟待更優的治療方法。免疫檢查點療法是一類通過共抑制或共刺激等信號調節T細胞活性來提高抗腫瘤免疫反應的治療方法[4]，在復發/轉移頭頸部鱗癌中療效得到肯定[5-9]，并已在根治性治療中進行探索[10-11]；但僅有一部分患者能從中獲益。預測免疫治療療效的生物標志包括程序性死亡受體表達，干擾素γ相關基因特征等[12]。腫瘤突變負荷(tumor mutational burden，TMB)是指腫瘤基因組中某一特定區域的體細胞突變總數，與腫瘤新生抗原數量密切相關，研究顯示具有較高非同義突變負荷的腫瘤傾向于形成更多的新抗原，更具有免疫原性，對免疫治療的反應性更大由此生存率提高[13-14]，但其在頭頸部鱗癌中的研究較少。本研究應用癌癥基因組圖譜(The Cancer Genome Atlas,TCGA)數據庫分析TMB與頭頸部鱗癌臨床病理特征的關系，并評估其預后價值。

1 材料與方法

1.1 數據來源及處理

TCGA官網(https://portal.gdc.cancer.gov)下載TCGA-HNSCC數據集(506例)的全外顯子體細胞突變和基因表達數據；TCGA全外顯子體細胞突變數據為MAF格式，本研究選擇下載vanscan軟件處理后的體細胞突變數據計算TMB。TCGA中FPKM格式的基因表達數據轉化為TPM格式作后續分析。……