成晨 楊穎 王衛(wèi)云 陳芳 黃慧 楊帆 陳欣林* 郭健*
(1 湖北省婦幼保健院,湖北 武漢 430070;2深圳華大生命科學研究院,廣東 深圳 518083)
先天性唇腭裂(包括腭裂)是人類最常見的先天出生缺陷,每500~1000例新生兒中就有1例是唇腭裂[1]。遺傳和流行病學研究表明了唇腭裂是一個多因素的疾病,遺傳模式很復雜,遺傳和環(huán)境因素都會導致疾病風險[2]。從胚胎發(fā)生學來看,唇腭裂的類型包括4種,單純唇腭裂、唇腭裂合并其他系統(tǒng)畸形、單純唇裂、唇裂合并其他系統(tǒng)畸形。總體來說,亞洲和美洲印第安人的出生患病率最高,在不同人群中的易感位點可能有所不同,然而,最近的流行病學資料表明,唇裂可能具有獨特的病因特征,包括很強的遺傳相關(guān)性[3]。本研究對142名唇腭裂胎兒的染色體數(shù)目異常以及拷貝數(shù)變異進行分析,探討其臨床應(yīng)用價值。
1.1 對象 2014年1月至2017年12月在湖北省婦幼保健院就診,胎兒超聲提示唇裂或唇腭裂的孕婦,知情同意自愿留取活產(chǎn)胎兒的臍帶或引產(chǎn)胎兒的大腿肌肉組織樣本進行全基因組測序(whole-genome sequencing,WGS)的142例孕婦。孕婦年齡分布為21~41歲,孕周為12~35周。
1.2 方法
1.2.1 儀器使用 德國Siemens S2000彩色多普勒超聲診斷儀,相控陣腹部6C2 探頭,頻率3~5MHz,韓國Samsung WS80,探頭頻率6~10MHz,篩查胎兒各系統(tǒng)。
1.2.2 測序 ①提取胎兒DNA:DNA提取試劑盒由QIAGEN公司生產(chǎn);②全基因組測序:使用華大基因BGISEQ-500測序平臺對收集的樣本進行低深度WGS以檢測染色體數(shù)目異常以及大于100kb以上的拷貝數(shù)變異(copy number variations,CNV)。
2.1 一般情況 142例胎兒中,男性94例,女性48例,男女比例為1∶0.51。……