胃癌關(guān)鍵基因和通路的生物信息學(xué)和功能分析*

吳茜，宋興勃，鐘慧鈺，溫陽，應(yīng)斌武

610041 成都，四川大學(xué)華西醫(yī)院 實(shí)驗(yàn)醫(yī)學(xué)科

胃癌的發(fā)病率較高，在癌癥中排名前五，也是癌癥相關(guān)死亡的三大主要原因之一，其中約有50%的死亡報(bào)告來自于東亞國(guó)家，如中國(guó)和日本[1]。雖然80%～90%的腫瘤發(fā)生是隨機(jī)的，但仍然有研究證明遺傳因素與胃癌的發(fā)生相關(guān)[2]。近年來，腫瘤生物學(xué)研究不斷發(fā)展，胃癌的臨床診療也隨之進(jìn)步，但由于胃癌發(fā)現(xiàn)時(shí)間一般較晚，造成臨床診療延誤，因而其預(yù)后效果仍不令人滿意，胃癌患者的5年生存率較低，僅為25.1%[3-4]。相關(guān)學(xué)者針對(duì)胃癌的發(fā)病機(jī)制做了大量研究，許多基因被認(rèn)為和胃癌的發(fā)生發(fā)展有關(guān)[5-6]，但胃癌的發(fā)病機(jī)制仍舊沒有達(dá)成統(tǒng)一的觀點(diǎn)。確定胃癌早期診斷的相關(guān)指標(biāo)和治療胃癌的關(guān)鍵作用靶點(diǎn)十分重要，但相關(guān)方面的研究并不成熟。近年來，基因芯片和RNA測(cè)序等高通量技術(shù)的不斷成熟使許多基因表達(dá)的相關(guān)數(shù)據(jù)得以呈現(xiàn)，計(jì)算機(jī)技術(shù)結(jié)合生物信息學(xué)的方法開始廣泛應(yīng)用于腫瘤研究，其在尋找腫瘤的診斷和靶向治療的新型標(biāo)志物方面的有效性和可靠性已經(jīng)得到了證明。

本文在研究中擬選取基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫GEO(Gene Expression Omnibus)數(shù)據(jù)庫中的GSE79973以及GSE19826數(shù)據(jù)集，將生物信息學(xué)方法應(yīng)用到差異基因篩選和功能分析中，從而構(gòu)建基因網(wǎng)絡(luò)圖，完成關(guān)鍵基因靶點(diǎn)的篩選，以期為探索胃癌的發(fā)病機(jī)制提供新的見解，從而為胃癌的早期診療提供幫助。

1 材料和方法

1.1 數(shù)據(jù)來源

在隸屬于美……