Hsa-miR-139-3p靶基因預測及生物信息學分析*

何楚琦，鐘浩，龍鼎新

（南華大學公共衛生學院，湖南 衡陽 421001）

MicroRNA（miRNA）是一類廣泛存在于動植物和某些病毒內的單鏈非編碼小RNA，其長度約20～22 個 核苷酸[1]。成熟miRNA 由原始RNA（pri-miRNA）和前體RNA（pre-miRNA）在核糖核酸酶Ⅲ（Drosha 酶和Dicer 酶）作用下逐步形成，然后通過不完全沃森- 克里克堿基配對原則與特定靶mRNA 結合，在轉錄后層面調控mRNA 使其降解或翻譯中止，從而調節靶基因的蛋白表達水平[2-4]。miRNA 調控至少30%的基因表達，參與人類生命活動中一系列重要的生物學過程[5]，不僅在細胞分化增殖、器官發育過程中起著重要作用，還在疾病的發生、發展過程中扮演重要角色，為人類疾病的診斷和治療提供了重要的生物學標志物[6]。

Hsa-miR-139-3p 屬于miR-139 基因家族，聚集于人染色體11q13.4 長度為68 bp 的位置中，具體基因位點在chr1：72615063-72615130 處。已有的研究顯示，通過與靶基因NOB1 或MMP11 相互作用，hsamiR-139 在腫瘤的增殖和遷移中起抑制作用[7-8]。目前國內外對miR-139-3p 的研究尚淺，且現有文獻多與腫瘤或癌癥相關，其余功能仍有待研究。大數據原理下的生物信息學相對實驗驗證，能對靶基因及相關通路進行大量多樣高速的預測。本研究運用生物信息學方法預測hsa-miR-139-3p 的靶基因，并對其靶基因集合進行功能注釋（gene ontology,GO）和信號通路富集分析（kyoto encyclopedia of genes and genome pathway,KEGG pathway）（簡稱Pathway 分析），為后續對miR-139-3p 的靶基因鑒定及生物學功能研究提供理論基礎和思路。

1 資料與方法

1.1 資料來源及工具

使用PubMed（http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/）、NCBI（https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/）、UCSC（http：//genome.ucsc.edu/）、miRbase（http：//www.mirbase.org/）等在線數據庫查找miR-139-3p 的堿基序列序列、染色體定位、物種保守性等基本信息,利用在線靶基因預測軟件Taegetscan 7.1（http：//www.Targetscan.org/）、miRDB（http：//www.mirdb.org/）、miRanda（http：//www.Microrna.org/）、miRTar Base（http：//www.mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/）進行靶基因預測，應用分析軟件MEGA 7.0 和帶有BiNGO 插件的Cytoscape 3.6.0 軟件，以及DAVID（http：//david.abcc.ncifcrf.gov/）進行功能富集分析（GO 分析）和Pathway 分析[9]。……