阮紅蓮,葉芷璇,楊磊,王書強,施昌宏
511436 廣州,廣州醫科大學公共衛生學院 應用統計系(阮紅蓮、葉芷璇、施昌宏),預防醫學系(楊磊);518055廣東 深圳,中國科學院深圳先進研究院 高性能計算技術研究中心(王書強)
肺癌是目前全球范圍內死亡率最高的惡性腫瘤,5年生存率僅為16%左右[1]。 近年來,我國肺癌的發病率呈現逐年增長的趨勢[2],對人民的生命和健康造成嚴重危害。非小細胞肺癌(non-small cell lung cancer, NSCLC)占肺癌的80%,分為鱗癌(squamous cell lung carcinoma,SCLC)、腺癌、大細胞癌和神經內分泌癌,其中SCLC占NSCLC的20%~30%。由于對肺鱗癌發病的分子機制缺乏了解,因此肺鱗癌的治療方案比較局限。
微小RNA(microRNA,miRNA)是一種內源性的非編碼RNA,是由17~25個堿基組成的單鏈RNA分子,廣泛存在于各種生物體中,在轉錄和轉錄后水平調控細胞生命活動。近年的研究發現,miRNA在很多腫瘤中異常表達,與腫瘤形成、侵襲轉移、分期預后及治療反應等均有密切關聯[3]。目前,人們已在淋巴癌、前列腺癌、小細胞肺癌和結腸癌等多種腫瘤組織中檢測到與腫瘤發生發展相關的miRNA[4]。miR-139位于染色體11q13.4,參與調節多種腫瘤的增殖、凋亡和化療敏感性[5],然而,關于miR-139在肺鱗癌預后中的作用國內外尚未見相關報道。本研究通過從癌癥基因組圖譜(the cancer genome atlas,TCGA)公共數據庫中下載肺鱗癌相關表達譜與臨床預后信息,研究miR-139在肺鱗癌組織中的表達及其臨床意義,為進一步探討miR-139在肺鱗癌患者預后中的作用提供依據。
在TCGA數據庫中 (https://genome-cancer.ucsc.edu/)篩選SCLC患者數據集,下載level 3 IlluminaHiSeq_miRNASeq、RNASEqV2和clinical data的數據(數據截止時間為2017年3月)。……