二代測序在膿毒血癥患者病原學診斷中的應用

朱逸敏，張文宏

復旦大學附屬華山醫院,上海 200040

膿毒血癥是一種嚴重威脅生命的感染，近年來其發病率呈不斷上升之勢，且病死率居高不下[1-2]。診斷膿毒血癥后盡早予以抗菌藥物是治療成功的關鍵之一，而精準、快速的病原學診斷可幫助臨床醫師及時優化抗菌藥物的使用。目前，基于培養的病原學診斷方法(如血培養、基質輔助激光解吸電離飛行時間質譜等)仍是膿毒血癥病原學診斷的主要手段[3-4]，但有不可忽視的缺點，如培養時間較長，需數天才能鑒定； 無法檢測苛養菌、胞內菌、病毒等無法常規培養的病原體。為解決以上問題，近年來出現了一些不依賴培養的病原學診斷方法。其中基于聚合酶鏈反應(polymerase chain reaction，PCR)的方法發展較為成熟，一批商用檢測試劑盒已入市[5]。然而，目前臨床可用的PCR方法多僅能定性檢測常見病原體，定量PCR僅局限于病毒及部分特定細菌的檢測。

近年來，二代測序技術(又稱高通量測序技術)不斷成熟并普及，為病原學診斷提供了一種新的有力手段。測序過程中，直接提取標本中的全部核酸片段并加以檢測，經生物信息學分析即可鑒定出標本中所含核酸的種類，并可獲得病原體的序列數、覆蓋度等定量分析數據。使用二代測序技術時，標本在檢測前無須培養，避免了難以培養的病原體漏檢；檢測時可直接非特異性地測定全部核酸片段，無須事先選定檢測范圍(即無偏性)，最大限度地避免了漏檢，還可同時檢測宿主基因以輔助診斷；……