采用聚合酶鏈式反應-變性梯度凝膠電泳技術分析小熊貓胃腸道菌群的多樣性

李 楊 鄧家波 牛李麗 余建秋 曾 燕 劉 倩 周 毅 熊律晨 倪學勤** 曾 東**

(1.四川農業大學動物醫學院動物微生態研究中心，成都611130；2.成都動物園，成都610081)

采用聚合酶鏈式反應-變性梯度凝膠電泳技術分析小熊貓胃腸道菌群的多樣性

李 楊1鄧家波2*牛李麗2余建秋2曾 燕1劉 倩1周 毅1熊律晨1倪學勤1**曾 東1**

(1.四川農業大學動物醫學院動物微生態研究中心，成都611130；2.成都動物園，成都610081)

本試驗旨在研究小熊貓胃腸道菌群多樣性。采用聚合酶鏈式反應(PCR)-變性梯度凝膠電泳(DGGE)技術結合條帶的克隆測序、聚類分析和主成分分析(PCA)檢測小熊貓胃腸道菌群結構及多樣性。結果表明：1)PCR-DGGE圖譜顯示小熊貓胃腸道中有大量菌群，且不同部位的菌群結構存在一定的差異，相鄰腸段菌群結構具有一定的相似性。結腸和糞便樣品的菌群多樣性較高，其次為胃和直腸樣品，而空腸和回腸樣品菌群多樣性較低。2)小熊貓胃腸道菌群PCR-DGGE圖譜中測序的條帶大多數歸為厚壁菌門(Firmicutes)、擬桿菌門(Bacteroides)、變形菌門(Proteobacteria)和疣微菌門(Verrucomicrobia)，共性條帶主要是未培養擬桿菌門細菌(uncultured Bacteroidetes bacterium)、糞腸球菌(Enterococcusfaecalis)、未培養梭狀芽孢桿菌(unculturedClostridiumsp.)、乳酸乳球菌(Lactococcuslactis)和食竇魏斯氏菌(Weissellacibaria)，其中厚壁菌門為優勢菌群；特異性條帶主要是叢毛單胞菌(Comamonassp.)、梭菌屬(Clostridiumsp.)和Akkermansia。由此可見，小熊貓胃腸道中棲息著大量菌群，且其多樣性按照胃腸道由前至后的順序呈現高-低-高的趨勢。

小熊貓；胃腸道菌群；PCR-DGGE；多樣性；克隆測序

小熊貓(Ailrususfulgens)是喜馬拉雅-橫斷山脈特有的小型珍稀野生動物，僅分布于中國、尼泊爾、不丹、錫金、印度和緬甸北部地區，被列為國家二級保護動物。……