基于高通量測序的平均核苷酸一致性在1株弗朗西斯菌鑒定中的應用

張磊，鄭敏玲，王亞，柴海云，鄧光遠，朱慶義，陳茶，屈平華

(1.廣州金域醫學檢驗中心有限公司微生物室，廣州 510330；2.廣州中醫藥大學第二附屬醫院/廣東省中醫院檢驗醫學部，廣州 510006；3.澤塔生物科技(上海)有限公司，上海 201203)

·臨床實驗研究·

基于高通量測序的平均核苷酸一致性在1株弗朗西斯菌鑒定中的應用

張磊1，鄭敏玲2，王亞3，柴海云1，鄧光遠2，朱慶義1，陳茶2，屈平華2

(1.廣州金域醫學檢驗中心有限公司微生物室，廣州 510330；2.廣州中醫藥大學第二附屬醫院/廣東省中醫院檢驗醫學部，廣州 510006；3.澤塔生物科技(上海)有限公司，上海 201203)

目的 對一溺水性肺炎患者血液標本中分離的弗朗西斯菌(編號Wenzhou1)進行菌種鑒定。方法 采用Illumina二代測序平臺2000/miSeq系統對實驗菌株進行高通量測序，MicrobeTrakr Plus軟件對測得的全基因組草圖進行序列拼接。在GenBank數據庫中，對實驗菌株的16S rRNA基因、mdh基因、rpoB基因和sdhA基因序列進行NCBI BLAST分析，獲得與實驗菌株遺傳關系接近的近緣菌種信息。Java 8運行環境，OrthoANI軟件對實驗菌株和近緣菌種進行全基因組序列NCBI BLAST搜索和全基因組平均核苷酸一致性(average nucleotide identity，ANI)分析。結果 測得的弗朗西斯菌Wenzhou1的基因組大小為1.96×106bp，含74個重疊群(contigs)。基因組G+C mol%為32.1%，與其他弗朗西斯菌和另弗朗西斯菌一致。GenBank數據庫NCBI BLAST分析結果顯示，Wenzhou1的16S rRNA基因、mdh基因、rpoB基因和sdhA基因序列與西班牙弗朗西斯菌FSC454和“土拉弗朗西斯菌新兇手亞種”3523最為近緣。ANI分析顯示，實驗菌株Wenzhou1與西班牙弗朗西斯菌FSC454的ANI為97.8%，與“土拉弗朗西斯菌新兇手亞種”3523的ANI在97.5%～97.6%之間，而與土拉弗朗西斯菌的4個亞種的ANI在91.3%～91.5%之間。……