核盤菌Ⅲ型聚酮合酶基因SspksⅢ的克隆與生物信息學(xué)分析

李秀麗，劉文豪，王 磊

宿州學(xué)院生物與食品工程學(xué)院，宿州，234000

核盤菌Ⅲ型聚酮合酶基因SspksⅢ的克隆與生物信息學(xué)分析

李秀麗，劉文豪，王 磊

宿州學(xué)院生物與食品工程學(xué)院，宿州，234000

首先利用RT-PCR技術(shù)擴增出一個核盤菌的Ⅲ型PKS基因，而后將該片段克隆到T載體中進行測序驗證，并將其命名為SspksⅢ。同時，利用生物信息學(xué)技術(shù)，從理化性質(zhì)、疏水性、亞細胞定位、跨膜結(jié)構(gòu)域、磷酸化位點、信號肽、二級結(jié)構(gòu)和三級結(jié)構(gòu)等方面對該基因編碼蛋白SpksⅢ進行預(yù)測和分析。結(jié)果表明：SspksⅢ蛋白的相對分子量為49031.8，理論等電點為5.54，氨基酸數(shù)目為456，亞細胞定位于細胞質(zhì)，磷酸化位點主要在絲氨酸殘基上，不含信號肽，為非分泌蛋白，在二級和三級結(jié)構(gòu)分析中發(fā)現(xiàn)無規(guī)則卷曲和α螺旋占主要部分。

核盤菌；聚酮合酶；基因克隆；生物信息學(xué)

聚酮化合物是一大類重要的次級代謝產(chǎn)物，在植物、細菌、真菌等生物中廣泛存在，具有多種重要的生物學(xué)功能。在生物體內(nèi)，該類化合物由聚酮合酶(Polyketide synthases，PKS)催化合成[1]。PKS以脂酰CoA為底物，通過重復(fù)的脫羧縮合過程產(chǎn)生線性聚酮化合物或成環(huán)形成環(huán)狀的酮內(nèi)酯。根據(jù)結(jié)構(gòu)，PKS可分為3種類型[2]：Ⅰ型 PKS，先由多個催化功能域共價連接組成模塊，而后多個模塊一起構(gòu)成多功能酶復(fù)合物；Ⅱ型PKS，各個催化功能域為獨立的蛋白；Ⅲ型PKS大多由酮縮合酶構(gòu)成，并且在催化聚酮鏈的延伸過程中不依賴酰基CoA載體蛋白[2]。真菌中的PKS較早被人們認識的是由多個與Ⅰ型PKS相似的催化結(jié)構(gòu)域所組成的巨型多功能蛋白，因此起初真菌的PKS被歸為重復(fù)性Ⅰ型PKS[3]。……