基于單細胞測序探索METTL1與胃癌惡性進展的關聯性研究

喻大軍,李靖,王彬彬,李志祥,王凱,楊杰

(蚌埠醫(yī)學院第一附屬醫(yī)院腫瘤外科,安徽 蚌埠 233004)

胃癌是世界上第五常見的癌癥,也是第三常見的癌癥相關死亡原因[1]。而胃癌的發(fā)病率逐年增高,已經成了危害中國人民生命健康的威脅之一[2-3]。盡管系統治療包括病理方法和分子靶向藥物的生物標志物檢測,但5年生存率僅為31.5%[4]。因此,尋找一種生物標志物來提高臨床療效顯得十分必要。單細胞RNA測序,也被稱為scRNA-seq,是一種將組織分解成單個細胞以區(qū)分腫瘤細胞和非癌細胞并分析表達模式以推斷亞克隆的方法[5]。scRNA-seq是一種有潛力用于研究轉移性癌細胞的方法,從原始位置轉移的癌細胞的整體水平表達模式會因其擴散到的局部組織而改變,而通過scRNA-seq探索癌癥發(fā)病因素,已經成了研究熱點[6-7],甲基轉移酶-1蛋白(methyltransferase like-1 protein,METTL1)是一種甲基轉移酶,可催化真核生物mRNA的n7 -甲基鳥苷(m7G)修飾[8]。越來越多的證據揭示了METTL1的致癌潛力[9]。然而METTL1在胃癌中的作用少見報道,因此結合單細胞測序結果并探索METTL1的功能顯得十分關鍵。

1 材料和方法

1.1 scRNA-seq數據采集及預處理 從Gene Expression Omnibus(GEO,http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)數據庫中找到GSE163558數據集,收集6例胃癌患者10份樣本共42 968個細胞的scRNA-seq數據,基于Illumina NovaSeq 6000,讀取深度為10倍基因組學。首先,從樣本中去除不符合以下質量控制要求的低質量細胞：①排除在少于3個細胞中發(fā)現的基因;②總檢測基因少于200個的細胞被排除;③表達少于10%的線粒體基因的細胞被排除在外。使用線性回歸模型來標準化遺留細胞的基因表達水平,采用主成分分析法進行降維。……