盡管全身性抗生素治療在控制感染、降低發病率和死亡率方面至關重要,但據推測,抗生素的過度使用會導致負面影響,如對抗藥性微生物的選擇和對共生微生物的附帶損害。在一項對4種臨床相關抗生素治療方案[強力霉素(20 mg或100 mg)、頭孢氨芐或甲氧芐啶/磺胺甲噁唑(TMP/SMX)]的前瞻性隨機研究中,研究人員調查了健康志愿者全身使用抗生素后皮膚上的微生物變化。在使用抗生素之前、期間和之后1年內,從不同的皮膚和口腔部位以及糞便中收集樣本,并進行鳥槍宏基因組測序。分類分析表明,與接受其他方案或未經治療的對照組相比,接受100 mg強力霉素和TMP/SMX的受試者的皮膚微生物群落發生了更大的變化。在抗生素治療后,口腔和糞便微生物群也出現波動。細菌培養結合全基因組測序顯示,在分別接受強力霉素100 mg或TMP/SMX治療的所有受試者中,分別存在攜帶tetK或tetL和dfrC或dfrG基因的抗生素耐藥葡萄球菌的特異性出現、擴增和持續存在現象。最后,宏基因組數據分析顯示參與基因動員的基因增加,表明微生物對抗生素產生了應激反應。總的來說,這些發現證明了抗生素對皮膚微生物群落的直接、持久的影響,強調了皮膚微生物群是抗生素耐藥性發展和持續存在的位點以及過度用藥的風險。