多發(fā)性骨髓瘤患者中脂肪干細(xì)胞差異表達(dá)基因的生物信息學(xué)分析①

張森鵬 何子煜 全 明 葉爾柏 楊澤純 李 淇 周玉其 杜以寬 楊 春

（廣東醫(yī)科大學(xué)干細(xì)胞與再生組織工程重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，東莞 523808）

多發(fā)性骨髓瘤（multiple myeloma，MM）是一種具有侵襲性的血液學(xué)惡性B細(xì)胞瘤，其特征是惡性漿細(xì)胞（plasma cell，PC）在骨髓內(nèi)聚集、分裂生長及骨髓源性干細(xì)胞（marrow-derived stem cells，MSC）的成骨細(xì)胞分化受損［1-4］。研究表明，多發(fā)性骨髓瘤患者中脂肪干細(xì)胞（adipose stem cells from patients with multiple myeloma，MM-ASC）的CD200過表達(dá)明顯，提示MM患者病理過程中全身性免疫處于抑制狀態(tài)［5］。與正常健康供體脂肪干細(xì)胞（adipose stem cells from healthy donors，HD-ASC）相比，MM-ASC不僅會(huì)產(chǎn)生過量的生長因子（如IL-6），也會(huì)過度分泌生長和分化因子15（GDF15）［6］。表明MM-ASC與HD-ASC在分子表達(dá)上存在差異，而探討二者間的差異可能發(fā)現(xiàn)MM發(fā)生、發(fā)展的潛在機(jī)制。因此，本研究通過GEO數(shù)據(jù)庫獲取MM患者和正常人脂肪干細(xì)胞基因芯片數(shù)據(jù)，通過R語言篩選差異表達(dá)基因（differentially expressed genes，DEGs），隨后進(jìn)行基因本體論（GO）分析、構(gòu)建蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用關(guān)系網(wǎng)（PPI）等，從中挖掘出CDH2、CD44、CXCL12等DEGs，找到NF-κB信號通路、鈣信號通路等關(guān)鍵信號通路，分析預(yù)測關(guān)鍵miRNAs如miR-30a-3p、miR-30d、miR-34a，研究ASC調(diào)控MM的關(guān)鍵靶點(diǎn)，為MM的早期信號通路干預(yù)及其靶向治療提供方向。

1 資料與方法

1.1 數(shù)據(jù)來源在美國國立生物技術(shù)信息中心（NCBI）的GEO DataSets數(shù)據(jù)庫（https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed）中檢索MM和ASC的相關(guān)數(shù)據(jù)集，綜合考慮樣本數(shù)量、信息完整度和可靠性，最終篩選出GSE133346芯片數(shù)據(jù)，其中包含12例MM-ASC與12例HD-ASC樣本。該數(shù)據(jù)集采用GPL570平臺（Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array）。

1.2 DEGs的 篩 選R3.5.0中Bioconductor的“affy”包可對CEL原始文件進(jìn)行基因表達(dá)歸一化和相關(guān)背景校正的預(yù)處理。通過R語言軟件編程、分析，設(shè)定篩選表達(dá)差異值P＜0.05、|log2FC|＞1的基因作為DEGs。篩選出的DEGs利用R3.5.0中的plot包繪制火山圖，heatmap.2包繪制熱圖?！?br>