基于50K SNP 芯片信息的棗莊黑蓋豬群體遺傳結構分析

王余北，肖蓮梅，何帥涵，孫厚偉，朱紹偉，李肖，產舒恒，郭雷，李久慶，方美英*

（1.中國農業大學動物科學技術學院，北京 100193；2.山東福藤食品有限公司，山東滕州 277599；3.滕州市畜牧漁業事業發展中心，山東滕州 277599；4.棗莊市畜牧漁業事業發展中心，山東棗莊 277000）

棗莊黑蓋豬是我國優良的華北型地方豬種，蘊含獨特的種質基因，是我國寶貴的遺傳資源。但隨著外來商業豬種的引入，棗莊黑蓋豬的養殖數量越來越少，以至于到90 年代末，棗莊黑蓋豬只零星散見于山東部分偏僻村莊中。2004 年在山東省相關部門、企業與科研單位的支持下，山東福藤食品有限公司著手開展棗莊黑蓋豬的保種工作，對其進行了搶救性保護與提純復壯。但在開展實際工作的過程中遇到了2 個方面問題：一方面，由于棗莊黑蓋豬最初的核心群主要從一些散在農戶手中購買，具體遺傳背景未知，給配種計劃的安排帶來不少困難；另一方面，傳統的畜禽遺傳學研究中，遺傳參數評估主要依賴于育種過程中的表型數據與系譜記錄，而棗莊黑蓋豬育種工作開展時間短，再加上實際生產過程中常發生系譜記錄與表型數據錯誤、缺失等情況，難以通過傳統的遺傳學方法對棗莊黑蓋豬群體進行遺傳參數評估。因此，從分子層面研究棗莊黑蓋豬的群體遺傳結構，明確群體遺傳背景，對于棗莊黑蓋豬遺傳資源的保護和發掘利用具有重要意義。

近年來隨著高通量測序技術的發展和成本的降低，在豬、雞等畜禽中均推出高效的商業化SNP 芯片。……