基于生物信息學分析TIMM9在肝癌中的表達及預后意義
2022-04-20 03:21:46鄭元梅周宇凡胡曉嵐
湖北理工學院學報
2022年2期
陳 勇，鄭元梅，喻 晨，周宇凡，胡曉嵐
(1.湖北理工學院 醫學院，湖北 黃石 435003；2.鄂東醫療集團黃石市中心醫院(湖北理工學院附屬醫院)，湖北 黃石 435000)
肝癌是全世界最常見的惡性腫瘤之一，在我國癌癥發病率中排第5位，死亡率排第2位[1]。雖然目前其手術及藥物治療效果不斷提高，但是由于大多數患者被發現時已為肝癌中晚期，其臨床療效仍不理想，且容易復發，預后較差[2]，因此研究新的肝癌預后標志物具有十分重要的意義。TIMM9主要編碼Tim9蛋白，Tim9與Tim10構成分子伴侶復合物位于細胞線粒體膜間隙，介導線粒體蛋白的輸入和轉運。前期研究發現，TIMM9在胃癌中表達增加，并且是胃癌的預后標志物[3]，但是在其他癌癥中的情況尚不清楚。
本研究通過下載UCSC Xena數據庫轉錄組數據、TCGA數據庫轉錄組及臨床數據，利用生物信息學方法探討TIMM9在泛癌以及肝癌中的表達情況，并做肝癌生存分析和臨床相關性分析，闡明TIMM9表達異常與肝癌患者的生存及預后相關性。通過單因素及多因素COX回歸分析，進一步明確TIMM9是否可作為獨立預后因素。通過HPA數據庫下載免疫組化結果了解Tim9蛋白在肝癌中的表達情況，利用GSEA富集分析探討和其相關的信號通路。
1 材料方法
1.1 數據收集與整理
從UCSC Xena數據庫下載33種常見癌癥的轉錄組數據，從TCGA數據庫下載肝癌轉錄組數據(腫瘤樣本374例，正常樣本50例)和臨床數據，刪除數據不完整的臨床樣本，從HPA數據庫下載Tim9蛋白在正常肝臟和肝癌中的免疫組化結果。
1.2 TIMM9在肝癌與正常……
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