基于GEO數(shù)據(jù)庫分析影響口腔鱗狀細(xì)胞癌的關(guān)鍵基因

趙軍 劉麗娜

中圖分類號:R739.8 文獻標(biāo)志碼：A doi:10.3969/j.issn.1001-3733.2021.06.018

口腔癌是世界上第六大常見惡性腫瘤，死亡率高，預(yù)后差。口腔鱗狀細(xì)胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)是口腔癌的主要病理類型，約占口腔癌的90%，可發(fā)生于口腔的不同部位，如舌、牙齦、口腔黏膜、硬腭、嘴唇和口腔底[1]。盡管外科手術(shù)、放化療和免疫治療取得了一定的進展，但由于其侵襲、轉(zhuǎn)移和復(fù)發(fā)，OSCC的5年生存率只有大約50%。OSCC可以早期預(yù)防和治愈，但大多數(shù)OSCC患者直到晚期才被確診[2-3]。因此，尋找潛在的生物標(biāo)志物對口腔鱗狀細(xì)胞癌的早期診斷和治療迫在眉睫。

目前，在高通量實驗方法中，如微陣列分析已廣泛應(yīng)用于差異表達(dá)基因分析[4-5]。大量的微陣列數(shù)據(jù)被存儲在公共數(shù)據(jù)庫中。這些儲存庫便于研究人員通過整合多個微陣列數(shù)據(jù)集來識別疾病相關(guān)的生物標(biāo)志物，有助于理解OSCC形成的分子機制。有學(xué)者利用SEER數(shù)據(jù)庫分析影響腺樣囊性癌患者預(yù)后的臨床病例因素[6]。本研究中從GEO數(shù)據(jù)庫下載了3 個微陣列數(shù)據(jù)集來識別OSCC和正常對照組的差異表達(dá)基因(differentially expressed genes,DEGs), 用于尋找與OSCC發(fā)生、發(fā)展有關(guān)的關(guān)鍵基因，這些關(guān)鍵基因可能作為診斷和治療OSCC的潛在生物標(biāo)志物。

1 資料與方法

1.1 微陣列數(shù)據(jù)信息

從GEO數(shù)據(jù)庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下載基因表達(dá)數(shù)據(jù)集GSE74530、GSE78060和GSE138206。這3 個數(shù)據(jù)集的平臺都是GPL570(Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array)，GSE74530和GSE138206分別含有6 個OSCC樣本和6 個正常樣本，GSE78060包含26 個OSCC樣本和4 個正常樣本。微陣列數(shù)據(jù)集匯總?cè)绫?。

表1 3 個微陣列數(shù)據(jù)集的匯總信息Tab 1 Summary of the 3 microarray datasets from the GEO database

1.2 DEGs數(shù)據(jù)處理與識別

GEO2R(www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r/)在線分析工具可用于通過比較兩組或多組樣本來識別DEGs。使用GEO2R對OSCC樣本和正常樣本間的DEGs進行分析，篩選標(biāo)準(zhǔn)是P<0.01和|logFC|>1，并對DEGs用火山圖可視化。……