基于數(shù)據(jù)挖掘分析CLDN10基因在腎透明細(xì)胞癌的表達(dá)及臨床意義

徐爭(zhēng)光，李燦楦，李曉，林晏廷，陳潔

暨南大學(xué)附屬第一醫(yī)院泌尿外科，廣東 廣州 510630

腎細(xì)胞癌(renal cell carcinoma，RCC)是成人泌尿系統(tǒng)中發(fā)病率最高的惡性腫瘤之一，據(jù)統(tǒng)計(jì)約占成人腎臟腫瘤的90%[1]。其中腎透明細(xì)胞癌(clear cell renal cell carcinoma，ccRCC)是其最常見(jiàn)的組織學(xué)亞型，占據(jù)了RCC的70%～75%[2]。ccRCC對(duì)放療和化療均不敏感，盡管分子靶向治療與免疫治療已取得了一定的進(jìn)展，但臨床上多達(dá)30%的患者因出現(xiàn)藥物副反應(yīng)而不得不停止藥物治療[1]，目前最佳的治療方式仍是早期診斷行手術(shù)切除病灶或腎移植[3]。然而，ccRCC的早期癥狀較為隱蔽，高達(dá)三分之一的患者確診時(shí)已發(fā)生遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移，錯(cuò)過(guò)最佳的手術(shù)治療時(shí)間[4]。因此，亟需更加深入地了解ccRCC 發(fā)生、發(fā)展的分子機(jī)制，識(shí)別新的分子生物標(biāo)志物用于預(yù)測(cè)ccRCC 的病理分期和臨床預(yù)后，以便能在癌癥進(jìn)展的早期介入干預(yù)，提供個(gè)性化的治療方案。

Claudin 蛋白家族(Claudins)是一種參與構(gòu)成細(xì)胞間緊密連接的骨架蛋白，能起到維持細(xì)胞間動(dòng)態(tài)平衡的作用[5]。多項(xiàng)研究提示Claudins 在多種癌癥中的表達(dá)水平或升高或下降，這表明它在腫瘤的進(jìn)展過(guò)程中起到某種特定的作用，比如促進(jìn)癌細(xì)胞的增殖[6]、轉(zhuǎn)移[7]、侵襲[8]等。目前，已有研究報(bào)道Claudins 中的CLDN1、16在ccRCC細(xì)胞中高表達(dá)，可能在ccRCC的進(jìn)展中發(fā)揮著重要作用。以此為依據(jù)，利用已有的各種公開(kāi)的腫瘤生物信息數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)Claudins 中的另一家族成員CLDN10 在ccRCC 中相關(guān)生物學(xué)信息進(jìn)行挖掘分析，旨在探討其在ccRCC中的作用。

1 資料與方法

1.1 Oncomine 數(shù)據(jù)庫(kù) Oncomine 數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)分析目的基因在正常組織和腫瘤組織中表達(dá)差異的癌癥基因芯片數(shù)據(jù)庫(kù)和數(shù)據(jù)挖掘平臺(tái)[9]。本研究設(shè)定的檢索條件如下：(1)Gene：CLDN10；(2)analysis type：Cancer vs.Normal Analysis；(3) Cancer Type：Clear Cell Renal Cell Carcinoma；(4) Data Type：mRNA；(5) Threshold By：P-value，0.05；Fold Change，2；Gene Rank，Top 10%。

1.2 Ualcan 數(shù)據(jù)庫(kù) Ualcan 數(shù)據(jù)庫(kù)(http://ualcan.path.uab.edu)是一個(gè)癌癥基因芯片數(shù)據(jù)庫(kù)和集成數(shù)據(jù)挖掘平臺(tái)，其中包括癌癥基因組圖譜(TCGA)在內(nèi)的31 種癌癥類型的基因組數(shù)據(jù)。按照各個(gè)腫瘤群體在個(gè)體癌癥階段、腫瘤分期、性別、年齡及其他臨床病理特征分成不同的亞群。利用該平臺(tái)，可挖掘和分析正常組織和癌癥組織間的差異表達(dá)基因，找出單個(gè)癌癥類型中最高表達(dá)和最低表達(dá)(上調(diào)和下調(diào))的基因，并評(píng)估基因表達(dá)水平和臨床病理特征對(duì)腫瘤患者預(yù)后的影響，以助于發(fā)現(xiàn)新的腫瘤生物標(biāo)記物或新的治療靶點(diǎn)，在此數(shù)據(jù)庫(kù)可以根據(jù)自己的要求設(shè)置篩選數(shù)據(jù)的條件[10]。

1.3 GEPIA 數(shù)據(jù)庫(kù) GEPIA 數(shù)據(jù)庫(kù)(http://gepia.cancer-pku.cn/index.html)是由北京大學(xué)基于The Cancer Genome Atlas (TCGA)和GenotypeTissue Expression(GTEx)數(shù)據(jù)庫(kù)的9 736 個(gè)腫瘤和8 587 個(gè)正常組織的基因表達(dá)數(shù)據(jù)而研究開(kāi)發(fā)，用以進(jìn)行基因表達(dá)分析的數(shù)據(jù)庫(kù)[11]。通過(guò)GEPIA 數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)Ualcan 數(shù)據(jù)庫(kù)的分析結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證，進(jìn)一步探討了CLDN10 表達(dá)水平與病理分期及預(yù)后的關(guān)系。

1.4 人類蛋白質(zhì)表達(dá)圖譜 人類蛋白質(zhì)表達(dá)圖譜(The Human Protein Atlas，HPA)是一個(gè)基于免疫組織化學(xué)和RNA 測(cè)序的方法，從蛋白質(zhì)和RNA 水平分析人類蛋白質(zhì)在各種人體組織和器官中表達(dá)水平的數(shù)據(jù)庫(kù)。該數(shù)據(jù)庫(kù)涵蓋了人類86%的蛋白編碼基因，可以分析正常組織和腫瘤組織中相同基因編碼的蛋白質(zhì)的差異表達(dá)，并評(píng)價(jià)蛋白質(zhì)表達(dá)差異對(duì)腫瘤患者預(yù)后的影響[12]。

1.5 String-DB數(shù)據(jù)庫(kù) String-DB數(shù)據(jù)庫(kù)(https://string-db.org)是研究生物學(xué)基因或蛋白質(zhì)間相互作用的數(shù)據(jù)庫(kù)，它把已知的和可預(yù)測(cè)的蛋白質(zhì)功能關(guān)聯(lián)組合，從而構(gòu)成蛋白質(zhì)間相互作用的生物數(shù)據(jù)庫(kù)[13]。通過(guò)該數(shù)據(jù)庫(kù)可以分析CLDN10 與上下游蛋白質(zhì)之間的相互作用。檢索條件設(shè)置如下：①Protein Name:CLDN10；②Organism:Homo sapiens；③Minimum required interaction score:medium confidence(0.400)；④Max number of Interactors:no more than 20 interactors。

1.6 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法 采用SPSS13.0 軟件處理數(shù)據(jù)，用t檢驗(yàn)分析CLDN10在正常腎組織和ccRCC中的表達(dá)差異；采用配對(duì)t檢驗(yàn)進(jìn)行配對(duì)樣本的組間比較；采用One-way ANOVA 分析CLDN10 的表達(dá)與ccRCC臨床分期間的關(guān)系；采用Kaplan-Meier 法對(duì)ccRCC 患者進(jìn)行生存分析，P<0.05為差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1 CLDN10 mRNA在正常腎組織與ccRCC中的表達(dá)差異 在Oncomine 數(shù)據(jù)庫(kù)的Beroukhim Renal、Yusenko Renal、Gumz Renal、Lenburg Renal、Higgins Renal 等5 個(gè)子數(shù)據(jù)庫(kù)中，根據(jù)設(shè)定的檢索條件獲得6 項(xiàng)研究結(jié)果(表1)分別對(duì)5個(gè)子數(shù)據(jù)庫(kù)的研究結(jié)果進(jìn)行箱式圖分析，Beroukhim Renal 數(shù)據(jù)庫(kù)中有70 個(gè)樣本、12 624 個(gè)被檢基因，在遺傳性ccRCC 中，CLDN10 在低表達(dá)基因中排第356 位(top 3%)，差異倍數(shù)為-3.441，P=1.91E-8 (圖1)；在非遺傳性ccRCC中，CLDN10 在低表達(dá)基因中位于178 位(top 2%)，差異倍數(shù)為-4.396，P=4.14E-9 (圖2)。Yusenko Renal數(shù)據(jù)庫(kù)中有67 個(gè)樣本，19 574 個(gè)被檢基因，CLDN10在低表達(dá)基因中排第1 004 位(top 6%)，差異倍數(shù)為-3.731，P=9.44E-4 (圖3)。Gumz Renal 數(shù)據(jù)庫(kù)中有20 個(gè)樣本，12 624 個(gè)被檢基因，CLDN10 在低表達(dá)基因中排第291 位(top 3%)，差異倍數(shù)為-3.792，P=6.81E-7 (圖4)。Lenburg Renal 數(shù)據(jù)庫(kù)中有18 個(gè)樣本，17 779個(gè)被檢基因，CLDN10在低表達(dá)基因中位于1 053 位(top 6%)，差異倍數(shù)為-2.942，P=8.35E-4(圖5)。Higgins Renal 數(shù)據(jù)庫(kù)中有44 個(gè)樣本，5 900 個(gè)被檢基因，在低表達(dá)基因中位于559 位(top 10%)，差異倍數(shù)為-6.255，P=0.006 (圖6)。通過(guò)對(duì)6 項(xiàng)研究結(jié)果的薈萃分析，發(fā)現(xiàn)CLDN10 在ccRCC 中的表達(dá)較正常腎組織低，中位數(shù)表達(dá)值為457.5 (P=0.003，圖7)。

圖1 Beroukhim Renal數(shù)據(jù)庫(kù)中CLDN10在正常腎組織與ccRCC中的表達(dá)差異

圖2 Beroukhim Renal 數(shù)據(jù)庫(kù)中CLDN10 在正常腎組織與ccRCC 中的表達(dá)差異

圖3 Yusenko Renal 數(shù)據(jù)庫(kù)中CLDN10 在正常腎組織與ccRCC 中的表達(dá)差異

圖4 Gumz Renal數(shù)據(jù)庫(kù)中CLDN10在正常腎組織與ccRCC中的表達(dá)差異

圖5 Lenburg Renal 數(shù)據(jù)庫(kù)中CLDN10 在正常腎組織與ccRCC 中的表達(dá)差異

圖6 Higgins Renal 數(shù)據(jù)庫(kù)中CLDN10 在正常腎組織與ccRCC 中的表達(dá)差異

圖7 Oncomine 數(shù)據(jù)庫(kù)中各子數(shù)據(jù)庫(kù)CLDN10 在正常腎組織與ccRCC中的表達(dá)差異

表1 Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù)的各子數(shù)據(jù)庫(kù)中CLDN10在正常腎組織與ccRCC的表達(dá)情況

按照GEPIA 數(shù)據(jù)庫(kù)的操作流程，分析TCGA 數(shù)據(jù)庫(kù)中CLDN10 mRNA 在腎癌組織(n=523)與正常腎組織(n=100)中的表達(dá)差異，以此驗(yàn)證Oncomine 數(shù)據(jù)庫(kù)中結(jié)論的正確性，結(jié)果顯示CLDN10 表達(dá)量的中位數(shù)在ccRCC 與正常腎組織相比，正常腎組織顯著高于ccRCC，且兩者差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)，見(jiàn)圖8。

圖8 TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)CLDN10在ccRCC組織與正常腎組織中的表達(dá)差異

2.2 CLDN10 mRNA在ccRCC中的表達(dá)水平與臨床特征的相關(guān)性 利用Ualcan數(shù)據(jù)庫(kù)分析CLDN10在ccRCC中的表達(dá)水平與臨床特征的相關(guān)性，結(jié)果發(fā)現(xiàn)CLDN10表達(dá)量的中位數(shù)在正常腎組織、stage1、stage2、stage3、stage4 分別為97.851、19.499、17.992、14.615、10.264，正常腎組織與不同腫瘤分期的表達(dá)差異均為P<1E-12 (圖9A)；CLDN10 在正常腎組織與ccRCC 亞型(ccA 和ccB)的表達(dá)量中位數(shù)分別為99.437、23.311、9.957，正常腎組織與不同ccRCC亞型表達(dá)差異均為P<1E-12(圖9B)；在TMN分期中，正常腎組織與N0、N1的CLDN10表達(dá)量的中位數(shù)分別為97.851、17.645、5.513，正常腎組織與N0、N1的表達(dá)差異均為P<1E-12(圖9C)，且上述差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)。CLDN10 的表達(dá)水平隨著腫瘤分期的升高與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的發(fā)生呈下降趨勢(shì)，表明其與ccRCC 的發(fā)生具有相關(guān)性，而CLDN10的高表達(dá)則能抑制腫瘤的進(jìn)展。

圖9 Ualcan數(shù)據(jù)庫(kù)CLDN10的表達(dá)水平與臨床特征的關(guān)系

2.3 CLDN10 在正常腎組織與ccRCC 的甲基化水平 利用Ualcan數(shù)據(jù)庫(kù)分析CLDN10在正常腎組織與不同臨床分期的ccRCC的甲基化水平差異(圖10)，發(fā)現(xiàn)CLDN10在正常腎組織與stage1、stage2、stage3、stage4 中的甲基化表達(dá)差異分別為P=1.62E-12、P=3.11E-08、P=1.62E-12、P=1.62E-12，差異均有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05)，與ccRCC的甲基化水平相比較，正常腎組織的甲基化水平明顯較低。不同臨床分期的ccRCC甲基化水平間的比較差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05)。

圖10 CLDN10在不同臨床分期的ccRCC的甲基化水平

2.4 CLDN10 在正常腎組織和ccRCC 中蛋白質(zhì)的表達(dá)差異 通過(guò)HPA 數(shù)據(jù)庫(kù)分析正常腎組織和ccRCC 中CLDN10 的蛋白質(zhì)表達(dá)差異，可見(jiàn)在正常腎組織的腎小管中呈現(xiàn)高表達(dá)，在腎小球中分布極少。而在典型的ccRCC 中，腎小管、腎小球的表達(dá)極低(圖11A)。此外，用Ualcan 數(shù)據(jù)庫(kù)檢測(cè)了CLDN10 在正常腎組織(n=84)和ccRCC (n=110)中的蛋白質(zhì)表達(dá)水平，結(jié)果顯示CLDN10 在正常腎組織中的蛋白質(zhì)表達(dá)較高，其表達(dá)量的中位數(shù)為2.65；而在ccRCC 中的表達(dá)量中位數(shù)為0，差異性比較P=7.04E-39，差異有顯著的統(tǒng)計(jì)學(xué)意義，從而在蛋白質(zhì)水平驗(yàn)證了CLDN10在正常腎組織中的表達(dá)高于ccRCC(圖11B)。

圖11 CLDN10在正常腎組織和ccRCC中的蛋白質(zhì)表達(dá)水平

2.5 CLDN10的表達(dá)與ccRCC患者預(yù)后生存的關(guān)系 應(yīng)用Ualcan數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中CLDN10的表達(dá)水平與ccRCC患者生存率之間的關(guān)系進(jìn)行單因素分析，發(fā)現(xiàn)CLDN10的表達(dá)水平對(duì)ccRCC患者的生存率有影響，CLDN10高表達(dá)組(n=133)相比，低或中表達(dá)組(n=398)的生存率明顯降低(P=0.000 14，圖12)。利用HPA數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)Ualcan數(shù)據(jù)庫(kù)的分析結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證。以數(shù)據(jù)庫(kù)中選定的CLDN10最佳表達(dá)截止FPKM值5.79，將患者分為高、低表達(dá)組，并對(duì)CLDN10表達(dá)水平與患者生存率之間的關(guān)系進(jìn)行研究。研究發(fā)現(xiàn)高表達(dá)組和低表達(dá)組的5 年生存率分別為75%、46% (P=3.7e-10，圖13)。再次利用GEPIA數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)CLDN10的表達(dá)水平與患者無(wú)病生存率的關(guān)系進(jìn)行了分析，得到CLDN10高表達(dá)患者258例和低表達(dá)患者258例的無(wú)病生存率曲線(圖14)，并得出以下結(jié)論：在其他影響因素不變的情況下，CLDN10低表達(dá)患者組的無(wú)病生存率明顯低于高表達(dá)患者組。查閱其Kaplan-Meier生存分析圖(圖15)，可以進(jìn)一步證實(shí)上述數(shù)據(jù)庫(kù)生存分析的結(jié)果有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。由此可見(jiàn)，CLDN10 在ccRCC 的進(jìn)展中起到一定的抑制作用。

圖12 Ualcan 數(shù)據(jù)庫(kù)CLDN10 的表達(dá)水平與ccRCC 患者生存率之間的關(guān)系

圖13 HPA 數(shù)據(jù)庫(kù)CLDN10的表達(dá)水平與ccRCC患者生存率之間的關(guān)系

圖14 GEPIA數(shù)據(jù)庫(kù)ccRCC患者的無(wú)病生存率

圖15 HPA 數(shù)據(jù)庫(kù)ccRCC患者的Kaplan-Meier 生存分析圖

2.6 CLDN10 與上下游蛋白的相互作用 利用String-DB 分析CLDN10 與上下游蛋白之間的相互作用關(guān)系，根據(jù)前述條件得出CLDN10 蛋白交互作用的網(wǎng)絡(luò)(圖16)，PPI 富集P值(PPI enrichmentP-value)=1.0-16，且相互作用的節(jié)點(diǎn)數(shù)為21 個(gè)。在PPI 網(wǎng)絡(luò)中與CLDN10 相互作用(score>0.400)的有CLDN14、CLDN2、CLDN16、CLDN8、CLDN3、CLDN1、CLDN19等，它們主要參與了細(xì)胞增殖、分化、轉(zhuǎn)移、細(xì)胞屏障和細(xì)胞間的緊密連接等生物學(xué)過(guò)程。

圖16 CLDN10蛋白交互作用網(wǎng)絡(luò)圖

2.7 CLDN10 關(guān)聯(lián)基因的富集分析 利用Metascape對(duì)CLDN10的關(guān)聯(lián)基因進(jìn)行富集分析，結(jié)果顯示主要參與了通過(guò)質(zhì)膜細(xì)胞黏附分子的鈣獨(dú)立細(xì)胞黏附、雙細(xì)胞緊密連接組裝、雙細(xì)胞緊密連接的正向調(diào)控、介導(dǎo)病毒融入細(xì)胞等信號(hào)通路(圖17)。

圖17 CLDN10關(guān)聯(lián)基因的富集通路

3 討論

腎細(xì)胞癌(RCC)是泌尿系統(tǒng)最常見(jiàn)的腫瘤之一，近幾年其發(fā)病率占據(jù)了成人惡性腫瘤的3%～5%[14]，其中以ccRCC 最為常見(jiàn)[15]。ccRCC 患者在疾病早期的臨床癥狀較為隱匿，20%～30% 的患者在臨床上確診時(shí)已發(fā)生局部或全身性轉(zhuǎn)移，導(dǎo)致患者的疾病預(yù)后較差[4]。目前，臨床上針對(duì)ccRCC 的診斷方式主要還是CT、MR 及病理學(xué)檢查，根據(jù)2016 版WHO/ISUP 對(duì)ccRCC 進(jìn)行臨床分級(jí)、治療指導(dǎo)以及預(yù)后評(píng)估，尚無(wú)適合運(yùn)用于臨床診斷和預(yù)后評(píng)估的特定分子生物標(biāo)志物[16]。在現(xiàn)有的條件下，ccRCC 的診治仍是泌尿外科較為棘手的問(wèn)題之一。因此，探索與ccRCC發(fā)展相關(guān)的基因，發(fā)掘適用于臨床診斷、治療以及預(yù)后評(píng)估的新的分子標(biāo)記物就顯得尤為重要。

Claudin蛋白是一種緊密連接蛋白，其家族成員是細(xì)胞緊密連接組成和功能的關(guān)鍵成分[17]，負(fù)責(zé)密封相鄰細(xì)胞基底外側(cè)細(xì)胞膜的頂端部分，在控制細(xì)胞通透性和維持組織穩(wěn)態(tài)中起著重要作用[18]。細(xì)胞緊密連接的破壞被認(rèn)為是癌癥發(fā)展過(guò)程中的一個(gè)關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)，使癌細(xì)胞失去內(nèi)聚性、去分化、侵襲性生長(zhǎng)[8]。有研究報(bào)道，CLDN3和4的表達(dá)增加有助于子宮內(nèi)膜漿液性乳頭狀癌、子宮內(nèi)膜透明細(xì)胞癌和卵巢漿液性腺癌的侵襲行為[19-20]。一項(xiàng)針對(duì)食管癌接受手術(shù)治療的患者進(jìn)行的研究發(fā)現(xiàn)，CLDN3和4表達(dá)的缺失與腫瘤遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移相關(guān)[21]，再次表明Claudin基因在癌變中具有高度的組織特異性作用。在腎腫瘤中，有研究表明CLDN1、3、4、7 和8 分別存在不同的表達(dá)模式，CLDN3 和4 在ccRCC的表達(dá)與總生存率呈顯著負(fù)相關(guān)；CLDN7的表達(dá)在腎嫌色細(xì)胞癌中明顯高于腎嗜酸性細(xì)胞瘤；CLDN8 在ccRCC、腎嗜酸性細(xì)胞瘤、腎乳頭狀瘤中表現(xiàn)為高表達(dá)[22]。目前，關(guān)于CLDN10 在ccRCC 中的表達(dá)水平及其生物學(xué)功能的研究甚少。已有研究證明CLDN10可通過(guò)磷酸化骨肉瘤細(xì)胞中的Janus激酶/信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)與轉(zhuǎn)錄激活因子(JAK-STAT)信號(hào)通路來(lái)抑制細(xì)胞轉(zhuǎn)移[23]。

本研究首先對(duì)Oncomine 數(shù)據(jù)庫(kù)中Yusenko Renal等5個(gè)子數(shù)據(jù)庫(kù)中的6項(xiàng)研究進(jìn)行了分析，結(jié)果表明：在mRNA 層面，CLDN10 在ccRCC 中較正常腎組織低表達(dá)。再通過(guò)GEPIA 數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)Oncomine 數(shù)據(jù)庫(kù)結(jié)論的準(zhǔn)確性進(jìn)行驗(yàn)證，結(jié)果顯示兩者的研究結(jié)論具有一致性。接著通過(guò)Ualcan數(shù)據(jù)庫(kù)分析CLDN10在ccRCC中的表達(dá)水平與臨床特征的相關(guān)性，發(fā)現(xiàn)CLDN10 在正常腎組織與不同腫瘤分期(stage1、stage2、stage3、stage4)、不同亞型(ccA和ccB)、不同淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移(N0、N1)之間存在明顯的差異，且差異均具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義，隨著腫瘤的進(jìn)展，CLDN10 的表達(dá)水平呈下降趨勢(shì)，說(shuō)明其在腫瘤的發(fā)展中起著抑癌基因的作用。已有實(shí)驗(yàn)證明CLDN10的低表達(dá)與卵巢癌[24]、肺腺癌[25]的不良預(yù)后相關(guān)，由此推測(cè)CLDN10的表達(dá)降低是影響ccRCC不良預(yù)后的因素。再利用Ualcan數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)CLDN10的甲基化程度進(jìn)行分析，結(jié)果顯示CLDN10 的甲基化水平在ccRCC 中明顯較正常腎組織高，差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。甲基化是修飾DNA，調(diào)控基因表達(dá)的主要表觀遺傳學(xué)形式，有研究表明異常甲基化將導(dǎo)致基因表達(dá)與轉(zhuǎn)錄的不穩(wěn)定，是腫瘤發(fā)生發(fā)展的重要原因之一[26]。相關(guān)研究表明DNA 高甲基化是CLDN10 在ccRCC 中表達(dá)降低的重要因素[27]。其次通過(guò)HPA、GEPIA數(shù)據(jù)庫(kù)從蛋白質(zhì)層面驗(yàn)證CLDN10在ccRCC與正常腎組織的表達(dá)差異，發(fā)現(xiàn)與正常腎組織相比，CLDN10在ccRCC中的表達(dá)水平明顯降低。然后選用Ualcan、HPA、GEPIA數(shù)據(jù)庫(kù)分析CLDN10對(duì)ccRCC患者生存率的影響，結(jié)果提示CLDN10低表達(dá)患者較高表達(dá)患者的總體生存率與無(wú)病生存率均顯著降低。最后使用String-DB 數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘分析發(fā)現(xiàn)，CLDN10 與CLDN14、CLDN2、CLDN16、CLDN8、CLDN3、CLDN1、CLDN19 等蛋白之間相互作用，利用Metascape 數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)相互作用的蛋白進(jìn)行通路富集分析表明，主要參與了通過(guò)質(zhì)膜細(xì)胞黏附分子的鈣獨(dú)立細(xì)胞黏附(GO:0016338)、雙細(xì)胞緊密連接組裝(GO:0070830)、雙細(xì)胞緊密連接的正向調(diào)控(GO:1903348)、介導(dǎo)病毒融入細(xì)胞(GO:0046718)等信號(hào)通路。

綜上所述，本研究通過(guò)可靠的生物信息學(xué)分析顯示，CLDN10 在ccRCC 組織中低表達(dá)，可能在腫瘤進(jìn)展中起著抑癌基因的作用，并且其低表達(dá)與患者的不良預(yù)后相關(guān)，可成為ccRCC患者診斷和評(píng)估預(yù)后的潛在生物標(biāo)記物，為ccRCC的后續(xù)研究提供了線索和理論依據(jù)。不足之處在于，相關(guān)分析結(jié)果均來(lái)自公開(kāi)的基因芯片數(shù)據(jù)庫(kù)，對(duì)其如何影響ccRCC的進(jìn)展缺乏實(shí)驗(yàn)研究及臨床樣本的分析論證。