基于高通量測序分析晚期肺癌患者肺部微生物多樣性

冉卓楠 劉潔星 王芬 信彩巖 沈湘 曾山 宋章永 熊彬

隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展，研究[1]發(fā)現(xiàn)健康人肺部存在大量微生物定植，一些無法通過傳統(tǒng)培養(yǎng)法培養(yǎng)出的菌種可通過高通量測序檢出。目前有研究[2]表明肺部微生物菌群與口腔菌群微吸入有關(guān)。既往多項研究證實肺部微生物菌群與呼吸系統(tǒng)疾病如哮喘[3]、慢性阻塞性肺疾病[4,5]、肺囊性纖維化[6]等疾病的發(fā)生密切相關(guān)。

肺癌是一種惡性腫瘤，在世界范圍內(nèi)發(fā)病率、死亡率均較高，非小細胞肺癌（non-small cell lung cancer,NSCLC）患者5年生存率僅為21%，小細胞肺癌（small cell lung cancer, SCLC）患者5年生存率則僅為7%[7]。肺癌的臨床癥狀出現(xiàn)晚，早期缺乏特異性篩查手段是其死亡率高的原因之一[8]。流行病學(xué)證據(jù)[9]表明，反復(fù)使用抗生素與增加肺癌風(fēng)險之間存在關(guān)聯(lián)，但肺部微生物菌群對肺癌的影響尚不清楚。有一項研究[10]表明肺癌患者化療期間院內(nèi)感染率可達44.77%。已有多項研究[11-13]證實肺癌患者肺部微生態(tài)較健康人群發(fā)生變化。但對于不同組織學(xué)類型肺癌之間肺部微生態(tài)差異性研究仍較少，特別是缺乏關(guān)于SCLC患者肺部微生態(tài)研究。

為明確不同組織學(xué)類型肺癌患者肺部微生物組成差異性，探討臨床變量與實驗數(shù)據(jù)之間的相關(guān)性，篩選可能存在的肺癌微生物標志物，本研究采用Illumina HiSeq測序平臺對晚期肺癌患者痰樣本進行細菌16S rDNA的V3-V4區(qū)測序及生物信息學(xué)分析。

1 材料和方法

1.1 試劑及儀器 FastDNA SPIN kit試劑盒；二硫蘇糖醇；甲醇；熒光劑；臺式離心機；振蕩器；水浴鍋；電泳儀；凝膠成像系統(tǒng)；……