基于體細胞突變數據庫篩選免疫原性結直腸癌高頻新抗原的方法

秦麗麗，李毅堅，梁兆端，陳蕾，李文慧，陳超,3,4，黃亞靈，張樂,3,4，劉松明,3,4，邱思,4，葛玉萍，彭文婷,3，林欣欣,4，張秀清,4，董旋，李波,4

技術與方法

基于體細胞突變數據庫篩選免疫原性結直腸癌高頻新抗原的方法

秦麗麗1,2，李毅堅1，梁兆端1，陳蕾1，李文慧1，陳超1,3,4，黃亞靈1，張樂1,3,4，劉松明1,3,4，邱思1,4，葛玉萍1，彭文婷1,3，林欣欣1,4，張秀清1,4，董旋1，李波1,4

1. 深圳華大生命科學研究院，深圳 518083 2. 大理大學基礎醫學院，大理 671000 3. 中國科學院大學華大教育中心，深圳 518083 4. 武漢華大吉諾因生物科技有限公司，武漢 430079

結直腸癌是世界高發和高致死率的惡性腫瘤。靶向新抗原的免疫治療已被證實可以誘導癌癥患者腫瘤持續消退，但這些特異性新抗原，僅適用于個體精準治療。隨著大量的高頻腫瘤基因突變被發現，這些與突變相關的高頻新抗原可覆蓋更多人群，具有較強的臨床意義。然而目前結直腸癌中是否也存在高頻新抗原仍不清楚。本研究利用來源于321個結直腸癌患者的體細胞突變數據庫，聯合1種標準過濾和7種預測算法，篩選并獲得了25個基于中國人高頻分型HLA-A*1101限制性的高頻新抗原，它們均具有高親和力(IC50<50 nmol/L)和高呈遞分值(>0.90)；其中，除了陽性對照多肽KRAS_G12V8-16外，11個高頻新抗原能夠在體外誘導細胞毒性T淋巴細胞(cytotoxic T lymphocyte, CTL)分泌γ干擾素(interferon gamma, IFN-γ)，證實具有免疫原性。選取免疫原性最強的新抗原C1orf170_S418G413-421及陽性對照多肽KRAS_G12V8-16體外刺激T細胞，利用流式細胞分選及單細胞轉錄組測序技術，獲得其特異性CTL的免疫組庫信息，所構建的TCR-T（T-cell receptor engineered T cell）能夠識別新抗原并分泌細胞因子。以上……