高通量基因測序技術在新型冠狀病毒檢測中的應用

李夢婷，祝小薦，萬紹貴

(贛南醫學院 1.2019級碩士研究生；2.2018級碩士研究生；3.基礎醫學院分子病理學中心，江西 贛州 341000)

冠狀病毒是一種可以引起多種動物多系統感染的病毒，在人類中主要導致呼吸系統相關疾病，例如嚴重急性呼吸綜合征(SARS)、中東呼吸綜合征(MERS)[1-2]。2019年底武漢暴發的以發熱、咳嗽等始發癥狀的病毒性肺炎被鑒定為一種新型冠狀病毒引起，該病毒屬B系β-冠狀病毒，還包括2003年在中國引起非典大流行的嚴重急性呼吸綜合征冠狀病毒(SARS-CoV)和蝙蝠SARS樣冠狀病毒[3]。新型冠狀病毒被世界衛生組織命名為2019新型冠狀病毒(2019-nCoV)[4-5]，國際病毒分類委員會將新型冠狀病毒命名為SARS-CoV-2，存在人傳人和人類嚴重感染情況。該病毒之所以被命名為冠狀病毒是因為在電子顯微鏡下，病毒邊緣有一個類似冠狀病毒的突起，且通過高通量測序手段發現該病原體基因序列和SARS-like bat coronavirus有著密切的進化關系，與SARS相關冠狀病毒密切相關[6-8]，2019-nCoV與SARS相似性約79%[9]，最終鑒定為SARSr-CoV(SARS相關冠狀病毒)。新型冠狀病毒的檢測方法多樣，通過臨床樣本和冠狀病毒細胞培養上清可用于初步分析評估[7]；實時逆轉錄聚合酶鏈式反應(RT-PCR)可用于檢測病毒特有RNA[7,10-11]；透射電子顯微鏡可觀察病毒形態[10]。此外，高通量測序也在病毒檢測中扮演了至關重要的角色。高通量測序平臺可以獲得病毒全基因組信息，發現病原體[12]，有利于檢測新型冠狀病毒，同時能迅速發現變異增加人類對其的認識度。高通量測序技術對疫苗和新療法的開發、病毒進化的研究、疾病遺傳、跟蹤暴發具有重要作用，近期也有報道高通量測序應用于監測醫療環境中病毒的暴發[13-15]。……