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基于DNA條形碼技術的防風藥材市場調查研究

2018-04-21 07:00:38羅丹丹方海蘭段寶忠
大理大學學報 2018年2期
關鍵詞:研究

羅丹丹,方海蘭,李 楊,段寶忠

(大理大學藥學與化學學院,云南大理 671000)

防風為常用中藥,來源于傘形科防風屬植物防風 Saposhnikovia divaricata(Turcz.)Schischk.的根,具有祛風解表,勝濕止痛,止痙功效〔1〕。各地常將川防風Ligusticum brachylobum Franch.、竹葉防風Seseli mairei H.Wolff、松葉防風S.yunnanense Franch.以及同科多種植物如杏葉防風Pimpinella candolleana Wight&Arn.、石 防 風 Peucedanum terebinthaceum(Fisch.ex Trevir.)Ledeb.、葛縷子 Carum carvi L.等作為防風混偽品使用〔2-5〕,由于這些藥材均來源于傘形科,其根部特征與防風較為相似,采用傳統的性狀和顯微鑒別等方法難以鑒別〔6-8〕,對臨床用藥安全造成極大威脅。

DNA條形碼(DNA barcoding)技術是分子鑒定的最新發展,即通過比較一段通用DNA片段,對物種進行快速、準確的識別和鑒定〔9〕。陳士林等對大量樣本的研究表明,ITS2序列是鑒定藥用植物及其混偽品的理想條形碼〔10〕。該技術已廣泛用于重樓〔11〕、臭牡丹〔12〕、艾葉〔13〕、何首烏〔14〕等多種中藥材的混偽品鑒別研究,并取得了良好的效果。目前已有學者采用ITS2條形碼對防風及其偽品中華前胡和杏葉防風等開展了鑒別研究,結果表明DNA條形碼技術可有效鑒別防風及其混偽品〔15〕,但未見該技術用于竹葉防風、松葉防風等常見偽品的分子鑒別研究。鑒于此,本研究在建立防風及其常見混偽品的參照DNA條形碼數據庫的基礎上,對來源于市場的28批標簽為防風的藥材進行了研究,以期為DNA條形碼技術在藥品檢驗和市場監管領域的應用提供參考。

1 儀器與材料

1.1 儀器PCR儀(2720,Applied Biosystems,USA);1-14K型高速冷凍離心機(Sigma公司);植物組織研磨儀(Retsch MM400);NanoDrop 2000∕2000C分光光度計(Thermo Fisher Scientific公司);各種量程的微量移液器(Eppendorf)。

1.2 材料本研究采集包括防風Saposhnikovia divaricata、竹葉防風Seseli mairei、杏葉防風Pimpinella candolleana及華山前胡Peucedanum ledebourielloides等4個物種8份植物樣本,經大理大學段寶忠副教授鑒定,并從GenBank下載防風常見偽品的ITS2序列16條,含上述8個物種共24條ITS2序列用于構建防風及其混偽品的標準條形碼數據庫。見表1。28批標簽為防風的藥材(HSM-01~28)收集于市場或委托藥商購于市場,其基原不詳。見表2。

表1 防風及其習用品ITS2序列信息表

表2 市場收集藥材樣品表

2 方法

2.1 DNA提取植物樣本葉片采用硅膠進行干燥,取30 mg,市場購買藥材切碎,取40 mg。用植物組織研磨儀(Retsch MM400,Germany)研磨2 min。總DNA提取在植物組織提取試劑盒(Tiangen Biotech Co.,China)的操作規程基礎上進行了改進。研磨后,使用核分離緩沖液(100 mmol∕L Tris-HCl,pH 8.0;20 mmol∕L EDTA,pH 8.0;0.3 mmol∕L NaCl;2%PVP40;2%β-巰基乙醇)抽提2次;水浴溫度為54℃,水浴時間6 h;水浴后,使用氯仿-異戊醇(24∶1)抽提2次。其他操作均按試劑盒規程。

2.2 PCR擴增及測序ITS2序列的反應條件,擴增引物,以及擴增程序參照文獻進行〔16〕。引物由上海生工生物工程股份有限公司合成,有條帶的PCR產物送上海美吉生物醫藥科技有限公司進行雙向測序。

2.3 數據處理所得的測序峰圖利用CodonCode Aligner Version 5.1.5(CodonCode Co.,USA)進行組裝拼接。基于隱馬爾夫模型的HMMer注釋方法將所得序列及GenBank序列,除去5.8S和28S區,獲得ITS2序列。采用MEGA 6.0(Molecular Evolutionary Genetics Analysis)構 建 NJ(Neighbor-Joining)樹,Kimura 2-Parameter(K2P)法計算遺傳距離。

3 結果

3.1 DNA提取與PCR擴增效率PCR擴增效率及測序成功率是評價DNA條形碼序列的兩個重要指標。本研究中,所提取的36份樣品DNA(包括8份植物樣本和28份藥材樣本),經NanoDrop 2000測定,A260∕A280值為1.8 ~ 2.0之間,樣品DNA濃度為100~300 ng∕μL。表明改進后的提取方法所提取的DNA質量較好。PCR擴增效率及測序成功率均為100%。

3.2 參考樣本ITS2序列遺傳距離用于構建標準數據庫的24條ITS2序列(8條植物樣本序列,16條GenBank下載序列)長度范圍為221~229 bp,GC含量為51.80%~59.26%。防風種內5個樣本間的K2P遺傳距離為0.000,防風與其他物種間的K2P距離范圍為0.037~0.307。防風種內遺傳距離小于種間遺傳距離,表明ITS2序列可用于防風及其混偽品的鑒別。

3.3 市場藥材鑒定分析將28批標簽為防風的藥材(編號HSM-01~28),分別在NCBI數據庫(https:∕∕www.ncbi.nlm.nih.gov∕)、中藥材DNA條形碼鑒定系統(TCM-DBS,http:∕∕.tcmbarcode.cn∕china∕)進行相似性搜索,DNA條形碼比對結果見表3。從表3可看出,28批藥材樣品分屬于5個物種,其中有10份藥材為防風,占35.71%;8份與竹葉防風具有高度相似性,占28.57%;6份與華山前胡相似,占21.43%;3份與杏葉防風相似,占10.71%;1份為傘形科其他物種。

表3 市售標簽為防風的藥材BLAST及TCM-DBS鑒定結果

3.4 市場藥材NJ樹分析將市場28個藥材樣品的ITS2序列與24條參考DNA條形碼,構建NJ樹。見圖1。從圖1可看出,樣品HSM-02~04、06~12與正品防風S.divaricata聚為一支;樣品HSM-01、05、20~24、26與竹葉防風 S.mairei聚為一支;樣品HSM-13~18與華山前胡 P.ledebourielloides聚為一支;樣品HSM-19和HSM-27~28與杏葉防風P.candolleana聚為一支。僅HSM-25未與參考序列庫內的物種聚為一支,BLAST結果為白花前胡P.praeruptorum或紅前胡P.rubricaule。

4 討論與結論

藥材基原物種的準確鑒定是避免混偽品混淆使用的關鍵。傳統的性狀和顯微鑒定方法主要依靠形態特征進行鑒定,這類方法主觀性強,同時對鑒定者的專業水平要求高。隨著當前傳統鑒定專業人才的匱乏,藥材外觀相似或同物異名對市場藥材監管部門提出了挑戰。DNA條形碼是一種分子鑒定技術,其不受環境因素、樣品形態和材料部位的限制,已成為中藥原植物和藥材鑒定的有效手段〔9〕,其操作簡單,可實現鑒定結果的客觀和自動化,有效緩解了中藥材鑒定人才缺乏的現狀。

圖1 基于ITS2序列構建的防風市場藥材NJ樹

本研究采用ITS2條形碼鑒定防風常見混偽品〔17-18〕,建立了防風及其混偽品的參考DNA標準條形碼數據庫,并利用該數據庫對市場收集的28批標簽為“防風”的藥材進行了鑒定和驗證。結果表明ITS2序列可有效鑒別已知混偽品。DNA鑒定結果表明,市售防風藥材來源復雜,在調查的28批防風藥材中,僅有10批為正品防風S.divaricata,其余藥材植物基原可能有竹葉防風S.mairei,華山前胡P.ledebourielloides,白花前胡P.praeruptorum、杏葉防風P.candolleana等多種,這些藥材性味功效與防風差異較大〔19〕,對防風臨床用藥的安全和有效造成了極大威脅。上述DNA條形碼的鑒定結果與前人的研究結果基本一致〔3〕,表明DNA條形碼可作為中草藥來源鑒定和市場混偽品檢測的有效工具。

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