基于高通量測定肉雞回腸微生物多樣性及PICRUSt基因預測分析

徐　帥　林奕岑　周夢佳　倪學勤　曾　東　曾　燕

(四川農業大學動物醫學院動物微生態研究中心，成都611130)

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基于高通量測定肉雞回腸微生物多樣性及PICRUSt基因預測分析

徐帥林奕岑*周夢佳倪學勤**曾東**曾燕

(四川農業大學動物醫學院動物微生態研究中心，成都611130)

本試驗旨在研究健康肉雞回腸的微生物群落結構及功能。采用高通量測序技術對15只雞的回腸內容物進行測序，按照97%的相似度歸類操作分類單元(OTUs)，去除序列數量少的OTUs(n<2)，然后進行生物信息學分析及PICRUSt基因預測。結果表明：1)共獲得424 062條tags，并歸類于1 002個非單OTUs，樣品平均tags為(28 271±8 855)條，平均OTUs為(261±82)個。2)所有樣品共含有20個菌門，160個菌屬。其中，共享核心菌門4個，分別是厚壁菌門(85.35%)、變形菌門(6.09%)、藍細菌門(2.15%)和放線菌門(0.16%)；共享核心菌屬19個，占樣品微生物總量的93.75%。3)雞回腸樣品預測得出328個功能。從前20個功能熱圖可知，各樣品的效能存在差異。由此可見，雞回腸微生物群落復雜，但主要菌群相對穩定。本試驗為進一步研究雞回腸微生物群落結構與功能提供了參考依據。

肉雞；回腸；高通量測序；核心菌群；PICRUSt

雞的腸道是一個巨大的生態系統，腸道微生物對雞的營養、免疫等功能有著重要的影響。雞腸道的不同部位具有不同的作用，其中回腸是營養物質吸收的關鍵部位，且微生物多樣性較高被人們廣泛關注[1]。雞腸道微生物多樣性的研究方法有很多，早期主要采用傳統培養的方法[2]，但腸道中厭氧細菌居多，因此大量微生物未被分離培養。隨著分子指紋圖譜方法的出現，如末端限制性片段長度多態性(terminal-restriction fragment length polymorphism,T-RFLP)分析[3]、變性梯度凝膠電泳[4](denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)和溫度梯度凝膠電泳[5](temperature gradient gel electrophoresis,TTGE)，使一些厭氧細菌能夠在RNA水平上被檢測，但研究技術的局限使獲

得的信息量少且不夠深入。近年來，高通量測序技術因其準確性高、快速和信息量大等優點，被廣泛的應用于人[6]、林麝[7]、兔子[8]等的微生物研究中。但是，利用高通量測序技術對健康雞回腸微生物進行研究，在國內鮮有報道。本試驗通過Illumina MiSeq平臺進行Paired-end測序，快速、全面地測定健康雞回腸微生物……