定位于雞選擇性清掃區域的SH3RF2基因生物信息學分析

耿立英，王秀秀，王秋悅，潘素敏，朱文進，張傳生，尹春光

(1河北科技師范學院，河北秦皇島，066600;2濟寧學院)

畜禽品種的形成受到自然選擇和人工選擇共同作用，而種群在短期內受到特異高強度正選擇作用，導致其基因組發生選擇性清掃現象，使某些優勢基因可在種群中相對較快地擴散，進而引起種群分化，形成生產性能和生產方向不同的品種或品系。因此，鑒定分析不同品種間特異的選擇性清除基因、標記［1，2］，可為揭示不同品種的表型差異的分子機理提供線索。

近期，Carl-Johan Rubin等［3］采用重測序技術在雞基因組中發現了多個選擇性清除(selective sweep)區域，其中就包括SH3RF2基因(SH3 domain containing ring finger 2)的插入/缺失位點。研究證實，SH3RF2基因在雞的大腦和肌肉中表達，其插入/缺失突變是與體重相關的原因突變，固定于肉雞的高長系中(HW)，而在低長系中(LW)和商品肉雞中(Broiler)以較低的頻率存在;還發現，該缺失與肉雞的生長與體重存在的密切的正相關。趙妤娟等［4］對SH3RF2基因的插入/缺失突變在15個中國地方雞種的頻率分布進行了研究，結果所檢測地方雞種均是非缺失的純合子，沒有發現缺失等位基因。除此之外，對SH3RF2基因其他信息尚缺乏深入了解。

雞是一種重要的經濟動物和模式生物，目前其全基因組測序工作的已經完成。在雞后基因組時代，利用生物信息技術對其功能進行解讀和研究已經引起國內外學者的重視，也已經取得諸多重要的研究成果［5，6］。這對雞的SH3RF2生物信息分析提供了值得借鑒的方法和思路。……