公立醫院的改革,主要問題是管辦分開還是不分開。研究者都比較主張管辦分開,也就是衛生行政部門和公立醫院分開。醫院組成大的醫療集團,衛生行政部門只負責行政、準入等管理。現在上海、成都都已經開始這樣做,就是把醫院和衛生行政部門分開,成立醫管局,將醫院法人化,進行集團化運作。這樣就可以整合轄區內的醫療資源,降低成本。而衛生部的思路是,公立醫院是公益性質的,所以要既管又辦,改革的方向是收支兩條線。但這樣的方向不免讓醫院又回到了計劃經濟時代,所以很多醫院才不愿意充當公立醫院改革的試點單位。如果管辦不分開,那民營醫院以及其他機構辦的醫療機構,就很難進入市場,進入市場后生存也很困難,因為醫療管理部門,在面對自己辦的公立醫院和私立醫院時,不可能做到完全公平。