微滴式數字PCR技術在菜豆暈疫病菌檢測中的應用

摘要 為了建立菜豆暈疫病菌（Pseudomonas savastanoi pv.phaseolicola）微滴式數字PCR（ddPCR）檢測方法，實現菜豆暈疫病菌的高效率、高精度的檢疫鑒定和疫情監控，以菜豆暈疫病菌為研究對象，以位點特異性重組酶作為靶標基因，SSRP_F、SSRP_R、SSRP_P為特異性引物與探針，建立菜豆暈疫病菌ddPCR反應體系，結果表明，菜豆暈疫病菌的ddPCR檢測體系的絕對定量檢測低限為0.6 copies/μL，ddPCR的檢測靈敏度比常規PCR高2個數量級。同時研究了種子攜帶菜豆暈疫病菌是否具有活性，提高了疫情檢出率。

關鍵詞 微滴式數字PCR技術；菜豆暈疫病菌；快速檢測

中圖分類號 S432.4+2 文獻標識碼 A 文章編號 0517-6611（2024）21-0163-05

doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2024.21.034

開放科學（資源服務）標識碼（OSID）：

Application of Droplet Digital PCR in the Detection of Pseudomonas savastanoi

LIU Xiao-yu，QIAN Zhu-xi，GUO Jing et al

（Animal，Plant and Food Inspection Center，Nanjing Customs，Nanjing，Jiangsu 210019）

Abstract In order to realize high efficiency and high precision quarantine identification and epidemic monitoring of Pseudomonas savastanoi pv.phaseolicola （Psp），the detection method of Psp by droplet digital PCR （ddPCR） was established.The ddPCR reaction system was conducted with Psp as research object and site-specific recombinases were used as gene target with SSRP-F/SSRP-R/SSRP-P as primers and probe.The results showed that the detection limit of genomic DNA by ddPCR was 0.6 copies/μL.The detection sensitivity of ddPCR could increase two orders of magnitude than convention PCR.Meanwhile，the activity of Psp carried in peas was studied，which improved the epidemic detection rate.

Key words Droplet digital PCR;Pseudomonas savastanoi pv.phaseolicola;Rapid detection

基金項目 南京海關科研項目（2022KJ22）。

作者簡介 劉曉宇（1975—），女，蒙古族，遼寧朝陽人，高級農藝師，碩士，從事植物病原細菌檢測工作。*通信作者，農藝師，碩士，從事植物病原真菌檢測工作。

收稿日期 2023-11-14

菜豆暈疫病菌是由薩氏假單胞菜豆致病變種（Pseudomonas savastanoi pv.phaseolicola，Psp）引起的豆類作物上的細菌性病害［1］。該病菌廣泛分布于大多數矮生菜豆種植的國家和地區，歐洲、美洲、非洲、大洋洲的大多數豆類種植國家和地區有報道，至今在各大洲的60多個國家和地區有分布［2-3］。菜豆暈疫病菌具有廣泛的寄主群體，除普通菜豆外，還有大豆、豌豆、扁豆、赤豆、月豆、野葛、綠豆、豇豆等豆科自然寄主［3］。菜豆暈疫病菌主要通過帶菌種子進行遠距離傳播，潛伏在種子內部或者附著在種子表面，并可存活2年以上［3-4］。病原菌的最適生長溫度為25～30 ℃，中國各豆科作物產區均具備其定殖的條件［5］。2007年我國就將菜豆暈疫病菌列為禁止進境檢疫性有害生物。……