黑漆實蠅線粒體基因組基因結構分析

摘要 為探究黑漆實蠅線粒體基因組基因結構，基于測定的黑漆實蠅的線粒體全基因組，采用DNAMAN V6 軟件測算線粒體全基因組13個蛋白編碼基因（PCGs），22個trnA基因AT skew =（A-T）/（A+T）、GC skew=（G-C）/（G+C）的值，分析黑漆實蠅核苷酸的偏移率；使用Win32 CodonW軟件分析蛋白質基因密碼子的使用個數以及同義相對密碼子RSCU值的使用頻率；利用MITOS WebServer和tRNAscan-SE 2.0軟件對trnA的二級結構進行分析，為物種診斷、系統發育和進化生物學提供依據。

關鍵詞 黑漆實蠅；線粒體全基因組；相對密碼子使用頻率；trnA基因二級結構

中圖分類號 S433 文獻標識碼 A 文章編號 0517-6611（2024）19-0077-04

doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2024.19.017

開放科學（資源服務）標識碼（OSID）：

Mitochondrial Gene Structure Analysis of Bactrocera （Zeugodacus） scutellaris

HUANG Zhen¹，GUO Qiong-xia²

（1.Changle Airport Customs of Fuzhou，Fuzhou，Fujian 350209;2.Fuzhou Customs Technology Center，Fuzhou，Fujian 350001）

Abstract In order to explore the mitochondrial genome gene structure of Bactrocera（Zeugodacus）scutellaris，based on the measured mitochondrial whole genome of B.（Z.）scutellaris，the values of ATskew =（A-T）/（A+T）and GC skew =（G-C）/（G + C）of 13 protein-coding genes（PCGs）and 22 trnA genes in the whole mitochondrial genome were measured by DNAMAN V6 software.Win32 CodonW software was used to analyze the number of protein gene codons and the frequency of synonymous relative codon RSCU values.MITOS WebServer and trnAscan-SE 2.0 software were used to analyze the secondary structure of trnA，providing evidence for species diagnosis，phylogeny and evolutionary biology.

Key words Bactrocera （Zeugodacus） scutellaris;Mitochondrial whole genome;Relative codon usage frequency;Secondary structure of trnA gene

基金項目 福建省自然科學基金項目（2011J01066，2012JO1061）;福州海關科研項目（FK2022-09）。

作者簡介 黃振（1985—），男，福建莆田人，高級農藝師，從事植物檢疫研究。*通信作者，研究員，從事植物檢疫研究。

收稿日期 2023-10-25

黑漆實蠅［Bactrocera（Z.）scutellaris Bezzi］屬雙翅目（Diptera）實蠅科（Tephritidae）果實蠅屬（Bactrocera）。果實蠅屬主要分布在熱帶和亞熱帶地區，主要危害果蔬，是危險性極高并可對果蔬生產與貿易造成巨大影響的有害生物之一，在果實蠅的自然分布或流行區，寄主作物果實被害率可達 10％～80％^［1］，是世界各個國家或地區農業檢疫部門重點關注和阻截的危險性害蟲^［2］。近年來，果實蠅屬害蟲在口岸進境果蔬物品檢疫中經常被截獲，由于危害性大，形態相似，鑒定困難，是具有重要經濟意義的危險性害蟲，因此果實蠅屬現已成為國際上許多國家的研究重點^［3-4］。線粒體基因組作大多數為環狀閉合雙鏈DNA，昆蟲線粒體基因組的組成包含從基本的分子序列到全部的基因組結構，具有排列相對保守，基因結構簡單，進化速率快，高拷貝以及物種內基因幾乎不發生重組的母系遺傳特點。……