不同預處理對小鼠糞樣菌群高通量測序分析結果的影響

劉昕 ， 胡會玲 ， 張敏愛 ， 薛幗珍 ， 閆曉睿 ， 張希春 ， 劉計權

1.山西中醫藥大學中藥與食品工程學院，山西 晉中 030600；

2.太原海關技術中心，太原 030021

腸道菌群是一個龐大的微生態系統，其所含細菌種類繁多，可分為有益菌、有害菌和中性菌3大類［1］。腸道菌群的生態平衡對于維持人體代謝、發育、免疫、感染預防及治療等正常生理功能發揮著極其重要的作用，而這種正常的生態平衡一旦被打破，則會引起肥胖、糖尿病、肝病、免疫性疾病、精神疾病、慢性腎病等多種疾病的發生［2］。腸道菌群與人類的健康密切相關，目前已成為醫學領域的研究熱點。新鮮糞樣經腸道排出體外，因其具有取樣方便、無損傷性等特點，常被作為腸道菌群研究的取樣來源［3］。

高通量測序技術因其測序快速、數據量大、能夠較為全面地反應微生物群落結構等優點，已被廣泛應用于腸道菌群的研究［4］。同時，DNA樣品濃度、純度和污染也是影響高通量測序結果準確度的重要因素。新鮮糞樣來源于宿主腸道，除了攜帶宿主的腸道微生物群，同時還包含有大量的食物殘渣、蛋白質、糖類、脂肪、消化酶等多種雜質，這些雜質可能會引起腸道菌群DNA發生降解、增加DNA被污染的風險、干擾PCR擴增和檢測結果等問題，所以對糞樣進行預處理操作，除去雜質，進而提高腸道菌群DNA的濃度和純度，是保證高通量測序結果的有效手段［5］。已有研究報道可通過PBS緩沖液［6-7］、生理鹽水［8-9］、濾器過濾［10］、均質化［11］等預處理方法達到除雜提純的目的，其中PBS緩沖液、生理鹽水預處理是常用方法，然而關于不同預處理對腸道菌群測定結果的影響少有報道。……