基于生物信息學方法篩選擴張型心肌病相關基因并分析潛在藥物

施展，張步春

擴張型心肌病(dilated cardiomyopathy，DCM)是一種表現為左室或雙室室腔增大并伴有舒張或收縮功能障礙的心肌病，是引發心力衰竭、心律失常和猝死的常見心肌病[1]。到目前為止，已發現多個編碼肌節蛋白、細胞骨架、核膜、肌膜、離子通道和細胞間連接分子的相關基因參與了DCM的發病機制[2]。編碼肌聯蛋白(TTN)的基因突變被認為是DCM的最常見原因。此外，LMNA基因(核纖層蛋白)、FLNC(絲蛋白C)、Des(結蛋白)、PLN(磷蛋白)、SCN5A等位基因突變已被確認為DCM的惡性原因[2]。但DCM患者的個體化風險預測和治療仍然具有挑戰性，根據當前指南建議的最佳藥物治療構成了DCM治療的基礎，然而，目前對DCM心衰的治療與一般的心衰治療沒有什么不同，疾病修飾藥物對DCM離子和結構改變的影響還沒有得到很好的描述[1,3]。因此，得益于分子生物學及統計學的發展，本研究將運用生物信息學手段基于GEO數據庫著重于DCM的差異表達基因及由此探討可能的治療方案。

1 材料與方法

1.1 數據材料收集 從GEO數據庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/)下載了基于GPL570平臺的2個基因芯片數據集(GSE17800和GSE19303)，其中GSE17800數據集包括接受免疫吸附后行IA/IgG治療之前的DCM活檢標本40例和用于對照的活檢標本8例；GSE19303包括接受IA/IgG治療之前和之后6個月收集的33對DCM患者樣本和8例用于對照的活檢標本。為了得到的結果更具有參考價值，本研究的標準僅納入未經IA/IgG治療的DCM患者心肌樣本和正常心臟的心肌樣本，共得到來源于GSE17800數據集的接受IA/IgG治療之前的DCM患者標本40例和正常心臟標本8例，以及來源于GSE19303數據集的接受IA/IgG治療之前DCM患者標本33例及正常心臟標本8例。……