為什么二代測序檢測報告要等這么久

藍(lán)x洋

二代測序（Next-generation sequencing， NGS）又稱為高通量測序是一種基因測序技術(shù)，通過可逆終止末端測序法把基因序列上的核苷酸一個一個地測出來。與一代測序相比，可以一次對幾十萬到幾百萬條DNA片段進(jìn)行并行測序，降低了測序成本并縮短了檢測時間。

臨床上，腫瘤患者多需要做此項檢查。因為腫瘤是一種多基因疾病，基因變異在腫瘤的發(fā)生發(fā)展、治療指導(dǎo)中的作用已經(jīng)毋庸置疑。而與傳統(tǒng)檢測方法相比，二代測序可同時對多基因多位點進(jìn)行突變、重排及擴(kuò)增的檢測，避免浪費樣本、節(jié)約檢測時間及檢測費用；可檢測到罕見突變位點和罕見融合，避免失去精準(zhǔn)治療機(jī)會；可檢測腫瘤突變負(fù)荷（TMB）和微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（MSI），幫助篩選免疫治療潛在獲益的患者；可檢測同源重組修復(fù)缺陷（HRD）狀態(tài)，篩選出更多PARP抑制劑可能獲益的患者。

做過二代測序檢測的患者常問醫(yī)生：這報告為啥要等這么久呢？這還得從檢測流程說起。二代測序要經(jīng)歷3個主要步驟，分別是二代測序?qū)嶒灢僮鳌y序儀運行及生信分析和數(shù)據(jù)的人工校驗及解讀。二代測序檢測時間的長短受檢測基因的數(shù)目、測序平臺的不同及上機(jī)樣本的數(shù)目影響。

從接收樣本到下機(jī)測序數(shù)據(jù)的產(chǎn)生需要經(jīng)歷樣本接收及質(zhì)控、核酸提取、預(yù)文庫構(gòu)建、終文庫構(gòu)建、文庫定量和上機(jī)6個步驟，完成檢測通常需要約4個工作日。

2.測序儀運行及生信分析部分

從樣本上機(jī)后到下機(jī)數(shù)據(jù)的產(chǎn)生，需要經(jīng)歷約26～28個小時，從下機(jī)測序數(shù)據(jù)到突變列表的生成需要經(jīng)歷質(zhì)控、比對參考基因組、排序去重、突變檢出等分析過程，這就需要約8～10小時。因此，從數(shù)據(jù)的產(chǎn)生到數(shù)據(jù)的分析完成需要約2個工作日。

這一步驟主要經(jīng)歷4個過程，質(zhì)控評估、體系變異復(fù)核、胚系變異復(fù)核及用藥解讀復(fù)核，整個過程需要經(jīng)歷約1～2個工作日。

最后，報告還需要經(jīng)副高職稱以上的有經(jīng)驗的病理醫(yī)師對結(jié)果進(jìn)行審核，該過程需要約1個工作日。因此，二代測序檢測從樣本接收到報告的發(fā)出，一般需要約8～9個工作日。

影響二代測序報告時間還有一個很重要因素，就是測序輪次。因為測序儀每次檢測樣本必須在8～12個樣本，如果不夠8個樣本，即使文庫已經(jīng)構(gòu)建完成也需要等待其他樣本一起上機(jī)，而超過12個樣本則需要等待下一次上機(jī)，那么最長等待時間約為3個工作日。

此外，若在檢測過程中遇到樣本質(zhì)量差、腫瘤細(xì)胞比例不足、檢測需要重新上機(jī)、檢測結(jié)果需要驗證、有疑問樣本需要與病理醫(yī)生或臨床醫(yī)生溝通等問題，也會影響報告的發(fā)出時間。遇到這些情況，通常我們會及時和臨床醫(yī)生或患者及其家屬溝通。