新型冠狀病毒(SARS-CoV-2)屬于套式病毒目()、冠狀病毒科()、冠狀病毒亞科()、Beta 冠狀病毒屬的B 亞群(Sarbecovirus)。在本文中,如不特別說明,冠狀病毒特指冠狀病毒亞科。根據(jù)國際病毒分類委員會(huì)第9次會(huì)議報(bào)告,冠狀病毒亞科()分為4個(gè)屬,分別是Alpha、Beta、Gamma和Delta冠狀病毒;Beta冠狀病毒屬又再分為5 個(gè)亞屬,即Embecovirus、Sarbecovirus、Merbecovirus、Nobecovirus和Hibecovirus,分別對(duì)應(yīng)此前已定義的A、B、C和D4個(gè)亞群和一個(gè)我們新定義的E亞群。SARS-CoV-2的基因組與其他冠狀病毒基因組結(jié)構(gòu)相似,是一個(gè)不分節(jié)段的單股正鏈RNA,其12個(gè)基因共編碼26個(gè)蛋白,其中,ORF1a和ORF1b基因各編碼一個(gè)多聚蛋白,這兩個(gè)多聚蛋白被切割成16 個(gè)成熟蛋白(NSP1-16)以行使功能。此外,SARS-CoV-2基因組還編碼4個(gè)結(jié)構(gòu)蛋白(S、E、M和N)和6個(gè)輔助蛋白(3a、6、7a、7b、8和10)。
冠狀病毒基因組的復(fù)制和轉(zhuǎn)錄由復(fù)制轉(zhuǎn)錄復(fù)合體Replication、transcription complex完成,其核心是RNA依賴型RNA聚合酶(RdRp,也常表示為NSP12)。冠狀病毒,乃至整個(gè)套目病毒的一個(gè)非常重要的特征就是存在跳躍式轉(zhuǎn)錄,也稱為不連續(xù)轉(zhuǎn)錄、聚合酶跳躍或模板轉(zhuǎn)換。跳躍式轉(zhuǎn)錄的分子機(jī)制是一個(gè)長(zhǎng)期沒有得到解答的科學(xué)問題,有研究提出“Leader-body fusion”模型用以解釋跳躍式轉(zhuǎn)錄,但其分子機(jī)制依然未知。直到2021年首次報(bào)道了TRS基序是冠狀病毒的尿苷酸特異性RNA 內(nèi)切酶(NendoU,常表示為NSP15)的酶切位點(diǎn),NSP15的酶切作用是實(shí)現(xiàn)冠狀病毒跳躍式轉(zhuǎn)錄的分子基礎(chǔ),并提出了NSP15對(duì)冠狀病毒復(fù)制和轉(zhuǎn)錄的負(fù)反饋調(diào)控模型。由于冠狀病毒的跳躍式轉(zhuǎn)錄與重組都需要依賴NSP15的酶切作用,即共享一個(gè)分子機(jī)制,冠狀病毒可在其生存周期中隨時(shí)發(fā)生重組,成為導(dǎo)致其反復(fù)暴發(fā)的最主要因素。……
南方醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào)
2022年3期